菌種的培養基在一定程度上決定著菌種的質量，決定著生產計劃能否順利實施。對于生產菌種培養基的選擇，應因地因時制宜、就地取材，比如北方地區的棉籽殼、 玉米芯等，南方地區的稻殼糠、米糠以及蓮子殼等均可應用。還有各地均有的小麥、木屑等資源。也是不錯的基質材料。但在長期研發實踐中發現，不少生產者或教條主義，或偏聽偏信，盲目計劃、采用本地沒有的資源，導致生產成本增加。而實際效果卻不盡人意。
一級種培養基配方：
一般使用PDA(馬鈴薯葡萄糖瓊脂)改良培養基。基本配方：馬鈴薯200克，麥麩30千克，葡萄糖20克，磷酸二氫鉀3克，硫酸鎂2克。食母生4片。維生素B11片。該配方適應于大部分品種，一般發菌8天左右。
二級種基質及其配方：
②、谷粒培養基配方：小麥100千克，麥麩20千克，石灰粉1千克，石膏粉1.5千克。也可使用玉米、大豆等谷粒。該配方適應于平菇、秀珍菇、榆黃菇、雞腿菇、金針菇、杏鮑菇、自靈菇等大部分品種。一般發菌10天左右。
③、木屑培養基配方：木屑80千克，麥麩15千克。豆餅粉5千克，石灰粉5千克，石膏粉2千克，過磷酸鈣2千克，尿素0.6千克。該配方適應于平菇、秀珍菇——、榆黃菇、金針菇、杏鮑菇、白靈菇等大部分木腐菌品種。一般發菌40天左右。
