雜菌與食用菌的關系相當于雜草與綠色作物的關系，它們并不像病原菌那樣直接侵害食用菌，而是通過在培養基質上的生長，與食用菌爭奪養分，同時形成毒素，抑制食用菌生長。危害食用菌的雜菌主要是霉菌類和少數的高等真菌、細菌及黏菌。
1.熟料栽培的雜菌控制。熟料栽培的雜菌污染源主要有培養料帶菌（滅菌不徹底）、菌種帶菌、接種工具帶菌（滅菌不徹底）、接種操作外界雜菌侵入和培養期間的外界雜菌侵入等。據此，防治要點應在于：
①選用潔凈新鮮無霉變的原料，并徹底滅菌。這是預防雜菌污染的第一道防線。
②認真挑選菌種，杜絕菌種帶雜菌。
③科學配料，控制水分和ph值，創造不利于雜菌侵染的基質條件。經驗表明，料中麥麩多或加入糖后，霉菌污染率較高。當用豆粉或餅肥粉代替部分麥麩，并無糖時，霉菌污染率可明顯降低。含水量偏高時，霉菌污染發生多，含水量偏低時，霉菌污染發生少。
④嚴格接種，嚴把操作關。
⑤創造適宜的培養條件，特別要注意場所潔凈、干燥，以減少外界雜菌的侵染。
