優質的菌種，菌絲生長快，整齊粗壯、濃密，無雜菌污染，抗逆性強，栽培出的子實體產量高，質量好。使用優質菌種是獲得高產優質的關鍵。按培養方式的不同，菌種分為母種、原種和栽培種三種類型。
    母種又叫一級種（試管種），是取子實體上的組織塊或孢子放在培養基上萌發出來的菌絲體。母種一般要經過試驗證明是優良的菌種才可使用。母種是用來繁殖菌種的種源。因母種體積小，數量少，故不能直接用于栽培，只能作栽培前的菌種使用。母種又可分為原原種和代傳種。原原種是最初獲得的純菌絲體，是采取有效方法保藏，并嚴格控制傳代次數的菌種，而且是保存在選育單位或專業菌種保藏機構的菌種。傳代種是由原原種轉接多次培養出來的、供培養原種用的菌種。
    原種又叫二級種，是將母種轉接到由農作物棉籽殼、稻麥草等發酵或麥粒組成的培養基上繁殖而成的菌種。一般是用玻璃瓶裝培養基培養的菌種。原種也是作擴大繁殖用的菌種，只是數量較少，成本較高，不利于大面積栽培。
    栽培種，又叫三級種，是將原種轉接到由農作物發酵后制成的培養基或麥粒上繁殖的菌種栽培種一般用玻璃瓶或塑料袋裝培養基來培養。