金針菇軟腐病是由孢霉菌引起的真菌病害，該病病原菌菌絲棉絮狀、白色，氣生菌絲發達，病原菌主要來自培養料，其次是空氣中懸浮的孢子落在料面或灑水時帶入。 

在溫、濕度較高的條件下，孢子萌發侵染料面，菌絲迅速蔓延形成白色菌絲，在金針菇基部侵染，菌柄變褐并腐爛，進而向上發展覆蓋整個子實體，被害處呈水浸狀，并逐漸變成褐色軟腐。 

防治方法 ：

1.菇房在進料栽培之前要用65％代森鋅粉劑噴灑。 

2.當局部發病時，立即停止噴水，加強通風降低濕度，摘除局部病菇，在患處撒生石灰。 

3.患病區繼續擴大時，立即噴灑65％代森鋅600倍液、40％多菌靈800倍液、70％甲基托布津800倍液或50％苯菌靈1000倍液防治。