由于銀耳芽孢 (從銀耳子實體上分離得淼) 沒有纖維素酶和半纖維酶, 不能分解纖維素和半纖維素, 甚至也不能利用硝態氮, 對淀粉水解力也差, 因此它不能單獨在培養基上生長。
其生長發育必須有一種名叫“香灰”的真菌伴生著，這種真菌的子囊果為黑色顆粒, 在馬鈴薯、蔗糖等培養基上能產生黑色色素, 其分生孢子為黃v色, 形似灰, 故名。香灰菌絲是銀耳菌絲的伴生菌, 它對木材有分解能力, 能幫助銀耳菌絲獲得所需要的養料。
　　由此可見，在制作銀耳各級菌種時，每支試管、每個菌種瓶、每個種植袋（甚至每個接種穴）中都必須讓銀耳菌絲（雙核菌絲，又稱白毛團或芽孢狀菌種）和伴生菌香灰菌絲在培養基（料）中按比例、協調地生長，才能培養出有實用價值的，可以用于實際種植的有效菌種，這點不同于其它食用菌品種。
　　為了保證銀耳菌種質量，科研人員首先把銀耳雙核菌絲"白毛團"、酵母狀分生孢子"芽孢"、香灰菌絲（又稱羽毛狀菌絲、耳友菌絲）分別單獨分開培養，分開保藏。只有到了制種季節才把兩種純菌種搭配起來，進行混合培養，制成生產上用的各級母種、原種或種植種供各地菌種場或種植者使用。由此可以知道，研究單位保藏的銀耳菌種和生產單位使用的菌種是不同的。研究所用的銀耳菌種，可以說是一種始祖菌種，是社會上一切生產種的老祖宗，育種學家們稱之"原原種",是單一菌種的純培養物。這些純菌種供育種、研究專用，一般不對外供應。而社會生產用的銀耳母種、原種和種植種則是雙菌培養物，即把銀耳菌絲或芽孢與香灰菌絲（子囊菌）同時接種在培養基中進行混合培養。這樣的菌種一般只使用一次。否則在轉管時容易人為地把雙菌分開，使培養物中銀耳菌絲逐漸減少，絕大部分剩下香灰菌絲而致使銀耳種植失敗。下面介紹銀耳菌種的分離、制備及保藏技術：
　　分離技術：獲得銀耳菌種的方法主要有擔孢子彈射分離法、組織分離法和耳木分離法。新型銀耳菌種分離技術和福建古田縣銀耳栽培技術又有新突破一文中也有相關內容，可參考之：
　　1、孢子彈射法 這是利用新鮮的、成熟的子實體自動彈射出擔孢子來獲得純菌種的方法。取朵大、色白、無病蟲害的新鮮銀耳作為種耳。
　　用無菌水漂洗銀耳數次，再用無菌紗布或吸水紙，把銀耳表面的水分吸干。因為耳片表面若有薄水層，便會影響銀耳擔孢子的彈射，并容易污染上雜菌。再把種耳切一小塊，以放入三角瓶或放入試管中不會碰到瓶壁或管壁為度，隨后用不銹鋼小鉤鉤住小耳片，迅速懸掛在三角瓶或試管內，同時注意勿使種耳碰到培養基表面，以防污染雜菌，塞上棉塞，然后放在20-25℃條件下，經24小時，從耳片上彈射出來的擔孢子，落在光滑的培養基表面上形成一個霧狀的孢子印。此時，在無菌箱或無菌室中，將懸于瓶內的耳片取出，再塞上棉塞，移到20-25℃的室中培養，經2-3天，培養基表面就會出現許多乳白色、糊狀的小菌落。此系銀耳的酵母狀分生孢子。當培養基上出現酵母狀分生孢子的菌落時，為了防止和減少污染，應盡快地進行提純，即挑取少許沒有雜菌的銀耳酵母狀分生孢子，移入新的試管中進行培養。不管銀耳擔孢子或酵母狀分生孢子都不容易萌發成菌絲，所以直接用于生產時有困難，目前已較少采用。不過，為了獲得銀耳有性繁殖的后代，必須采用擔孢子分離法，并使之萌發成單核菌絲，然后進行配對實驗。
　　2、組織分離法 和香菇、平菇不同，銀耳組織分離法比較難操作，實用意義也不大。因為耳片一旦膠質化之后，就不容易再長出菌絲，況且段木種植的或野生的銀耳，暴露在外界的生長時間很長，耳片上必定會附著各種雜菌，組織分離時既不容易把附著的雜菌洗掉，又不容易用藥品進行表面的滅菌處理，且容易導致銀耳和條菌同歸于盡。只有位于樹皮和木質部之間的肥厚的耳基比較容易進行組織分離，可以獲得銀耳的純菌絲。不過用耳基分離來的銀耳純菌絲常是鵝黃色的或橙黃色的，不是純白的，菌絲生長的速度也比較慢，效果也不太理想。
　　3、耳木分離法 利用長了銀耳子實體的段木（簡稱耳木）來進行分離，是目前獲得有實用價值的銀耳菌種最主要的方法。
　　耳木分離法的主要技術是排除耳木中雜菌的干擾，防止分離時污染雜菌，必須把銀耳菌絲和香灰菌絲單獨分離出來。對初學者來說，耳木分離法是不容易掌握的，必須反復練習，直到掌握分離的要領。耳木分離法的主要步驟如下：
　　①、耳木選擇 在長第一、二批銀耳時，取長耳最多，質量最好（尤其是片寬、色白）,雜菌最少的耳木一小段，作為分離材料。分離材料經風干，并用熏蒸劑驅蟲（特別是螨）后，移入無菌箱或無菌室中進行分離。
　?、?、耳木滅菌 先把耳木鋸成2-4cm厚的木輪，然后去掉樹皮、耳基，放入接種箱（室）中，耳木表面用0.1%升汞水或70%酒精揩擦滅菌。技術熟練者也可以不經表面滅菌，就進行分離。
　?、邸⒍救》N 通過耳基著生處把耳木縱切成兩瓣。然后，在耳基著生處的正下方木材內部剃取極小的木屑粉末（不能用小木片，接種塊越小，得到銀耳純菌種的機會越大，接種塊越大得到香灰菌絲，或香灰菌絲夾雜一點銀耳菌絲的機會越多）,接種在試管中的培養基表面。接種后，把試管放在20-28℃的室溫下培養，數天之后接種塊的周圍就開始長出菌絲來。
　?、?、分離結果 由于分離的技巧不同，分離的結果也不一樣。大致可以得到如下幾種結果：
　　只得到銀耳菌絲；只得到香灰菌絲；同時得到銀耳菌絲和香灰菌絲，但香灰菌絲占絕對多數；得到銀耳酵母狀分生孢子和香灰菌絲。如果有雜菌干擾，分離的結果就更復雜了。
　　為了獲得有生產價值的銀耳菌種，在分離后的第3-7天內要天天觀察，把銀耳菌絲和香灰菌絲單獨分離出來。
　　銀耳菌絲的特征： 白色、淡黃白色以及由白色至黃色之間的各種中間色，氣生菌絲直立、斜立或平貼于培養基表面，基內菌絲生于培養基里面。菌絲直徑l.5-3微米，有橫隔膜，有明顯的（但不是每個橫隔膜上都有）鎖狀聯合，生長速度比一般蘑菇緩慢。在某些情況下，在培養基表面會出現纏結的菌絲團，并逐漸膠質化，變成小原基，長出小耳片。當雙核菌絲開始膠質化時，在菌絲頂端可以發現有若干擔子樣的膨大細胞，這意味著雙核菌絲已進入結實階段。雙核菌絲繼代（移植）后或繼續長出新的菌絲，或迅速膠質化，長出耳片，也可以變成粘糊糊的酵母狀分生孢子（取決于菌株的菌齡、發育程度、培養基表面的水層，接種針熱或冷，接種時手勢輕或重等刺激）.由雙核菌絲斷裂成的"酵母狀分生孢子"在適宜條件下變成銀耳菌絲。
　　香灰菌絲的特征： 菌絲初無色，大量生長時白色，羽毛狀， 常有特別細長的主干和側生的略呈"羽毛狀"的分枝，老菌絲變淡黃色，淡棕色，培養基逐漸由淡褐色變為黑色或黑帶綠色。培養基表面的氣生菌絲灰白色，細絨狀，有時有碳漬的黑疤，分生孢子梗近掃帚狀，分生孢子少見。若用木屑培養基，破瓶后可發生黃綠色至草綠色的近橢圓形的分生孢子。在段木表面可以產生扁平黑色的子座。已知香灰菌可能不是單一個物種，可能隸屬于碳團屬和碳豆屬。有3-4種，其中有一種經鑒定初步認為是阿切爾碳團（Hypoxylon archeri）。