一、根據(jù)營養(yǎng)物質的成分分類：
1. 天然培養(yǎng)基：培養(yǎng)基利用天然有機物配制而成。材料來源廣，成本低，制作簡單，但成分不穩(wěn)定，不宜用作精確的科研。在生產栽培廣泛使用。如馬鈴茨培養(yǎng)基、豆芽汁培養(yǎng)基、麥粒培養(yǎng)基、草糞培養(yǎng)基等。
2. 半合成培養(yǎng)基：在天然培養(yǎng)基中添加無機鹽或在合成培養(yǎng)基中添加少量有機物。這類培養(yǎng)基是根據(jù)不同菌類菌絲生長的需要而改良的，有利于促進菌絲生長。如馬鈴茨培養(yǎng)基增加硫酸鎂0.5克，磷酸二氫鉀0.6克，維生素B15毫克時草菇菌絲生長特別旺盛。
3. 合成培養(yǎng)基：培養(yǎng)基成分明確、穩(wěn)定。適合試驗、母種分離、菌種貯藏使用。如：蛋白胨2克，葡萄糖20克，磷酸二氫鉀0.46克，磷酸氫二鉀1克，硫酸鎂0.5克，瓊脂20克，水1000毫升。適合各種菇類菌絲生長及保種。
二、根據(jù)培養(yǎng)基的狀態(tài)分類：
（一）液體培養(yǎng)基：這類培養(yǎng)基不加凝固劑，不保留固態(tài)物，多用化合物或固態(tài)物的煮汁制成。在這種培養(yǎng)基中，菌絲生長快速，而且可以根據(jù)培養(yǎng)菌絲體的需要中途補充養(yǎng)分及調節(jié)酸堿度，最適合工業(yè)發(fā)酵用。如葡萄糖20克，氯化鈣0.1克，蛋白胨2克，維生素B10.1克，磷酸二氫鉀0.5克，硫酸鎂0.5克，水1000毫升。適合側耳的菌絲培養(yǎng)。
（二）固體培養(yǎng)基：培養(yǎng)基加入凝固劑或固態(tài)物質制成的培養(yǎng)基，有較穩(wěn)定的形態(tài)。
（1）瓊脂培養(yǎng)基：1. 斜面培養(yǎng)基。這種培養(yǎng)基可以增大菌絲的擴展面，可以觀察菌絲體的生長狀態(tài)。但由于培養(yǎng)基淺薄，易失水，故保存菌種的時間不長。2. 直管瓊脂培養(yǎng)基。這種培養(yǎng)基不擺斜面，基質深厚，保持養(yǎng)分、保水性好，適合菌種保藏使用。
（2）草料、麥粒、棉子殼、木屑、甘蔗渣等固形物配制的培養(yǎng)基。
（3）種木培養(yǎng)基。把樹木或木材制成1.2―1.5厘米長，1.5―2厘米粗的木段，或圓柱狀、或鍥狀、或圓餅狀拌入木屑、麩皮制成。接種時取木段種接入段木或袋料中。
