靈芝子實體成熟后會彈射大量的孢子，這時要停止往子實體表面噴水，否則會影響孢子粉的采集。用塑料布或紙在菌蓋下面鋪好，待孢子粉彈射后，收集起來。也可在每個子實體上套上一個紙套，但要注意防止碰傷子實體，過多的碰撞會阻止孢子的彈射。孢子粉收集后，及時干燥過篩，除去雜質，放人干燥瓶中保存。

孢子粉是自然界中真菌繁殖后代的生命體，它可長時間、惡劣干燥環境下，持久地蘊藏生命力，一旦外界條件適宜，孢子粉落入潮濕、有培養料的環境下，便開始新一輪生命的循環。在靈芝孢子粉的應用方面，主要有兩種應用，一是長期品種資源保存和異地種植栽培;二是醫學應用，近幾年來，醫學工作者發現破壁孢子粉有抗癌和輔助放、化療的作用。