首先由真空泵組將滅菌鍋抽取真空，滅菌鍋內的空氣壓力的不斷降低，達到設定時間值，真空泵組停止，打開鍋爐送來蒸汽的閥門，使得滅菌鍋內菌包迅速升溫，等到滅菌鍋內溫度上升到50℃左右后，關閉進蒸汽的閥門，并再次由真空泵組將滅菌鍋抽真空，當真空度在0.08～0.09mpa之間, 再次關閉真空泵組，并打開鍋爐送來蒸汽的閥門，使得滅菌鍋內迅速升溫到125℃左右后,進行保溫保壓。當滅菌鍋內菌包的中心溫度保持≥120℃達到設定時間值后，滅菌系統開始報警，以示菌包滅菌工作結束。此時打開排氣閥門，降低滅菌鍋內氣壓，直到滅菌鍋內氣壓為零 。