雙孢蘑菇收獲后，在貯藏期間，仍處于一個不斷新陳代謝過程中，其水分的變化、氧化的發生、細菌的繁殖和害蟲的發生。
1、培養料堆積發酵
預堆：正式發酵前3天對糞草進行預濕，草料堆寬4m，高1.5m，長度不限，同時按“下層不加，中層少、上層多”的原則將尿素的1/2分層撒于各草層;糞打碎過篩，堆成寬2m，高0.5m的梯形碼堆，含水量60%;油渣打碎或粉碎后，用2%甲醛溶液噴灑潮濕后用薄膜覆蓋消毒。
建堆：預堆3d后，將預堆原料分成10份，按一層草料、一層糞、一層油渣逐層向上堆積。堆寬2.3m、高1.5m，長度不限。每層草料厚約30cm，糞層厚度以蓋沒草層為度，同時將尿素的1/2和石膏粉、過磷酸鈣的1/3按“下層不加，中層少、上層多”的原則分層撒鋪于各草層。水分按“底層少、上層多”的原則，以堆建成后底部有少量水滲出為宜。堆形應保證四邊垂直，整齊，頂部龜背形，并用牛糞覆蓋，雨天注意蓋薄膜防雨，雨后及時揭膜。
翻堆：當堆溫開始下降時，間隔天數大致7d、6d、5d、4d、3d分別進行第一、二、三、四、五次翻堆。第一次翻堆時水份加足，第二、三次翻堆時適量加水，以后翻堆不加任何形式的水。石膏粉、過磷酸鈣在第二次翻堆時加完;石灰從第二次、第三次翻堆時開始添加，ph值7.5。堆寬隨翻堆次數的增加，逐漸由 2.3m縮減到2m，高1.5m。
2、培養料進棚、播種及管理
培養料進棚：培養料發酵結束后，及時運進消毒好的菇棚內，鋪灘在事先準備好的床面上，均勻攤放，厚度20-25cm，撿除雜物，打開通風孔排除農藥，二氧化碳等有害氣體。
播種：播種時料溫應在24℃左右。選取菌齡40d左右的優質菌種進行播種。糞草種采用穴播法，穴距8厘米，菌種塊核桃大小;麥粒種采用撒播法，先用75% 的菌種均勻撒在料上，用小耙輕抖使菌種嵌入培養料內，再將25%的菌種撒在表面，輕輕拍平料面。每平方米用菌種3瓶(250g/瓶)。播種完畢后，若培養料較干可用地膜覆蓋，若培養料較濕時，可用報紙覆蓋。
發菌管理：播種后，維持溫度20～24℃，暗光，空氣新鮮。前三天內，緊閉菇棚，以保濕為主，以促進菌絲萌發吃料，3天后隨著菌絲生長，逐漸加大通風量。正常情況下，播種7～10天，菌絲基本上長滿料面。約18～20天左右，菌絲吃料2/3接近料底時及時覆土。
3、培養料覆土及覆土層的發菌管理
覆土選取與消毒：選取無污染源的菜園土或耕作地土，挖去表層約8cm的表土棄用，選取耕作層內40cm的土壤作為覆土，日光暴曬殺菌后，將土塊打碎成 1.5cm以下的土粒。覆土前再將土粒在太陽光下暴曬1～2d，然后用1～2%的石灰水溶液噴濕，使pH值達到6.5～7.5，含水量達到 65%～75%。結合噴水用2%的甲醛與500倍敵敵溶液拌土，覆蓋塑料膜，堆悶12～24h，然后攤晾，排去甲醛氣味。
覆土方法：覆土前1-2天將料面整平，若料面較干，可噴施3%石灰水調濕，促使菌絲向上生長。采取一次性粗細土混合覆土方式，覆土厚度掌握3.5cm，薄厚要均勻。
覆土層發菌管理：覆土后，繼續維持溫度20～24℃，暗光，空氣新鮮。同時按少量多次的原則，每天每隔2h向土面、空間噴霧狀水保濕(每次每平方米不超過 500g)。覆土層含水量以65%～75%為宜(以手捏土壤成團、不板結、不粘手)，空氣相對濕度以75～80%為宜。約15d左右，當菌絲快要長上土層表面時，用小耙將表土輕輕搔動一次(搔菌)，待菌絲長透覆土層，及時進行出菇管理。
