生產有機金針菇在裝袋的過程中，用預先準備好的17×35厘米的塑料袋筒，先用線繩把筒的一頭扎好，然后筒內裝料18-20厘米，再用線繩扎好筒口，成為兩頭封閉的料袋。滅菌后進行接種，接種時，分別解開料袋兩頭扎口，接入菌種，再用線繩把袋口扎好，接種量為5%。接種后的料袋按“井”字形堆積排放床架或地面上進行發菌培養。菌絲長滿全袋后，見有少量菇蕾即可適時轉入出菇管理。
在棚室內設出菇架，將出菇袋袋口向外，分層橫放堆積4-5層，撐開塑料筒的袋口，讓其兩面有機金針菇出菇。出菇期間，溫度應保持在10℃左右，空氣相對濕度為80%-90%，有適度的通風和光照。
