有機食用菌很有營養，很多人愛吃有機食用菌。有條件的菇房可通蒸氣消毒，70～75℃持續4小時，而后通風干燥。床架材料宜用鋼材和塑料等無機材料制成，經沖洗和消毒后，孢子不易生存。
褐腐病又名濕泡病、有害疣孢霉病，病原菌為有害疣孢霉。
褐腐病發病癥狀：一種是發菌期間病菌侵入后，菇床表面形成一堆堆白色絨狀物，顏色由白色漸變為黃褐色，表面滲出褐色水珠，最后在細菌的共同作用下腐爛，并有臭味產生;一種是原基分化時被侵染，形成類似馬勃狀的組織塊，初期白色，后變黃褐色，表面滲出水珠并腐爛;當長成小菇蕾時被侵染，表現為畸形，菇柄膨大，菇蓋變小，菇體部分表面附有白色絨毛狀菌絲，后變褐，產生褐色液滴;當出菇后期被侵染，不僅形成畸形菇，菇體表面還會出現白色絨狀菌絲，后期變為褐色病斑。
防治方法如下：
(1)菇房消毒：及時清除菇房廢料，并徹底消毒處理，不要等待進新料時再清理前季廢料。
(2)覆土消毒：首先要選取未含有食用菌廢料的土壤，應選取稻田中20厘米以下的中層土或河泥土，經太陽暴曬后使用。在發病區土壤中宜用殺菌劑處理，如用菇豐配成2 000倍液噴霧，邊噴邊翻土，而后建堆蓋膜悶5天后再使用。推廣河泥礱糠覆蓋技術，可有效地降低土壤帶菌的幾率。
(3)培養料病菌處理：在發病區，培養料宜用殺菌劑拌料，如2 000倍液的菇豐。當菇床出現癥狀時要及時挖除，撒上殺菌劑，讓其干燥，病區內不要澆水，防止孢子、菌絲隨水流傳播。
