食用菌產業已擠身我國農業六大產業，年產量達１２００萬噸以上，全國食用菌栽培面積以每年１５％的量持續增加，其中中溫型和高溫型品種數量增長，病蟲種類增多，侵害程度加重。據全國多點病蟲調查和分析，２００６年食用菌病蟲發生量和危害程度將在２００５年較重發生的基礎上進一步加重，各地應提早預防，減輕危害。
　　據調查，２００５年病蟲害發生種類多、受害嚴重的食用菌有雙孢蘑菇、秀珍菇、灰樹花、茶樹菇、平菇、雞腿菇、滑菇、草菇、黑木耳、姬松茸、靈芝等品種。
　　主要病蟲害有以下幾種：
　　１、菇蚊  
　　侵害食用菌的菇蚊有多種，如多菌蚊、閩菇遲眼蕈蚊、小菇蚊等，其中蘑菇、灰樹花、姬松茸、平菇、秀珍菇、黑木耳、滑菇等中低溫品種受害嚴重，杏鮑菇、雞腿菇、毛木耳、大杯蕈、金福菇等品種受害程度較輕，發生區域遍及全國各食用菌栽培區。由菇蚊侵害造成的產量損失，因品種和防治措施而異，如茶樹菇受害率達８５％，產量損失１０％～３０％；秀珍菇受害率達７０％，產量損失１５％～２０％；姬松茸受害率達６０％，產量損失１０％～２０％；雙孢蘑菇、黑木耳和毛木耳受害率５０％，產量損失１０％～１５％。
螨蟲  侵害食用菌的螨蟲因地域差異出現的種群有所不同，福建、浙江等菇場以有害長頭螨和蘭氏布倫螨為主，江蘇、安徽、四川和山東等地以腐食酪螨和上海嗜木螨為主。螨害在種植３年以上的菇房內普遍發生，其中地表層栽培的蘑菇、金針菇受害最為嚴重，其次為茶樹菇、草菇、靈芝、姬松茸、毛木耳等品種。由于用藥不當，菇房長期使用無殺螨作用的殺蟲劑，蟲源經多年的繁殖已成暴發趨勢，２００５年全國雙孢蘑菇螨蟲危害率達６０％以上，產量損失１０％～２０％以上，江蘇局部地區的金針菇、草菇、茶樹菇在菌種生產期受到螨蟲侵害而報廢。
　　２、蚤蠅 
　　受蚤蠅危害嚴重的食用菌品種有高溫出菇的平菇、秀珍菇、姬松茸、高溫蘑菇等品種，江蘇、浙江和安徽等省局部地區高溫平菇菌絲被食盡后造成絕收。
　　３、線蟲  
　　線蟲是近年來在蘑菇等草腐性品種中發生面積和危害程度快速上升的害蟲之一。由于防治藥劑選用不當使之由弱勢種群發展為優勢種群，全國各區域的蘑菇普遍受害，產量損失１０％～３０％，甚至絕收。
　　４、疣孢霉 　
　　蘑菇受害普遍，在連續種植３～４年的菇棚內發生量大，受害嚴重，疣孢霉已成為制約我國蘑菇進一步發展的重大障礙。全國各蘑菇產區均出現疣孢霉病害，受害率達６０％以上，產量損失１０％～３０％。
　　５、細菌性病害  　
　　在高溫高濕和栽培密度大的菇棚中表現突出，受害嚴重的品種有春蘑菇、平菇中的黑色品種、金針菇，其次有黑木耳、毛木耳、滑菇等品種，病菇出現褐斑、黑斑、畸形和腐爛等癥狀。
       ６、粘菌  
       此病近年來呈上升趨勢，在平菇、茶樹菇、滑菇、毛木耳　等高溫期出菇的品種上危害嚴重。