食用菌的遺傳性相對(duì)是穩(wěn)定的，但是食用菌的變異又是非常普遍的。食用菌的變異是環(huán)境條件，如營(yíng)養(yǎng)、光照、水分、溫度等引起的，而這些變異往往是暫時(shí)的，只有通過基因的突變才能獲得永久的、可遺傳的變異。人們致力尋找食用菌中自然發(fā)生的或經(jīng)人工誘變而產(chǎn)生的有益于人類的變異，并想辦法把這些變異穩(wěn)定下來(lái)，就能得到新菌種。人工選育良種有如下方法。
一、人工選擇：人工選擇是有目的地選擇并累積自發(fā)的、有益的、變異的過程。首先，要確定選種目標(biāo)，擴(kuò)大采集范圍，盡可能收集足夠的、有代表性的菌株。食用菌的菇（或耳）采到后，盡快進(jìn)行組織分離或單孢分離取得純種。得到的純種要進(jìn)行生理性能測(cè)定。把選出的菌株進(jìn)行品比試驗(yàn)，再進(jìn)行擴(kuò)大試驗(yàn)，然后才能推廣使用。
二、誘變育種：利用物理或化學(xué)因素處理細(xì)胞群體，激發(fā)其中少數(shù)細(xì)胞的遺傳物質(zhì)發(fā)生變異，從中選出具有優(yōu)良性狀的菌株。紫外線、X射線等都是常用的誘變劑，還有常用的化學(xué)劑如氯芥、2―氨基嘌呤等。育種時(shí)選用在生產(chǎn)中應(yīng)用過而發(fā)生了自然變異的菌株，選用生長(zhǎng)快速、營(yíng)養(yǎng)要求低、出菇早、適應(yīng)性強(qiáng)等性狀的菌株，選用對(duì)誘變劑敏感菌株等能收到較好效果。
三、雜交育種：雜交育種是一種遺傳物質(zhì)在細(xì)胞水平上的重組過程。因?yàn)槭秤镁墚a(chǎn)生有性孢子所以能通過有性雜交育種，從而獲得具雙親優(yōu)良性狀的新品種。雜交育種中通常通過單核菌絲配對(duì)的方式產(chǎn)生新的子代，也有單核與雙核菌絲配對(duì)的。雜交后得到的雜合異核菌絲體要經(jīng)過是否真正雙核菌絲體或具鎖狀聯(lián)合菌絲體來(lái)鑒定。
四、遺傳工程：用人工方法把人的需要的某一供體生物的遺傳物質(zhì)DNA提取出來(lái)，在離體條件進(jìn)行切割后，把它和作為載體的DNA分子連接起來(lái)，然后導(dǎo)入某一受體細(xì)胞，從而獲得所要求的新物種。
