第五章　進出口管理
第二十九條　從事菌種進出口的單位，除具備菌種生產經營許可證以外，還應當依照國家外貿法律、行政法規的規定取得從事菌種進出口貿易的資格。
第三十條　申請進出口菌種的單位和個人，應當填寫《進口菌種審批表》，經省級人民政府農業行政主管部門批準后，依法辦理進出口手續。
菌種進出口審批單有效期為3個月。
第三十一條　進出口菌種應當符合下列條件：
屬于國家允許進出口的菌種質資源；
菌種質量達到國家標準或者行業標準；
菌種名稱、種性、數量、原產地等相關證明真實完備；
法律、法規規定的其他條件。
第三十二條　申請進出口菌種的單位和個人應當提交下列材料：
《食用菌菌種生產經營許可證》復印件、營業執照副本和進出口貿易資格證明；
食用菌品種說明；
符合第三十一條規定條件的其他證明材料。
第三十三條　為境外制種進口菌種的，可以不受本辦法第二十九條限制，但應當具有對外制種合同。進口的菌種只能用于制種，其產品不得在國內銷售。
從境外引進試驗用菌種及擴繁得到的菌種不得作為商品菌種出售。
第六章　附則
第三十四條　違反本辦法規定的行為，依照《中華人民共和國種子法》的有關規定予以處罰。
第三十五條　本辦法所稱菌種種性是指食用菌品種特性的簡稱，包括對溫度、濕度、酸堿度、光線、氧氣等環境條件的要求，抗逆性、豐產性、出菇遲早、出菇潮數、栽培周期、商品質量及栽培習性等農藝性狀。
第三十六條　野生食用菌菌種的采集和進出口管理，應當按照《農業野生植物保護辦法》的規定，辦理相關審批手續。
第三十七條　本辦法自2006年6月1日起施行。1996年7月1日農業部發布的《全國食用菌菌種暫行管理辦法》同時廢止，依照《全國食用菌菌種暫行管理辦法》領取的菌種生產、經營許可證自有效期屆滿之日起失效。