【作者】徐偉南 黃蓉梅 劉媛媛 仝宗軍 韓星 謝路昱 謝寶貴

【機構】福建農林大學園藝學院福建農林大學菌物研究中心新加坡國立大學計算機學院

摘要：采用二代和三代測序技術分別對金針菇單核體菌株"6-3"進行測序,應用4種組裝策略進行基因組的denovo組裝,對比組裝效果。基因組組裝的參數方面,僅使用二代測序組裝的效果最差,長度大于10kb的Contig全長只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,組裝率只有59.27%。采用三代組裝二代校正的組裝策略效果最好,長度大于10kb的Contig全長為38.3Mb,Contig N50為2.8Mb,組裝率高達92.16%。保守單拷貝基因拼接效果方面,4種組裝策略獲得基因組序列與BUSCO數據庫里的擔子菌的保守單拷貝基因比對,基因完整性均大于94%。在組裝準確性方面,經過PCR擴增、Sanger測序驗證,三代組裝二代校正的基因組序列完整并且連續,同時序列上堿基的SNP、InDel數量最少。綜上所述,三代組裝二代校正得到的基因組序列具有Contig N50值大、組裝率高、堿基準確性高的特點,是食用菌基因組測序較為理想的方案。 

 

基金：國家重點基礎研究發展計劃(2014CB138302)； 福建省木生型食用菌品種選育與產業化工程項目(fjzycxny2017010)~~；

 

關鍵詞：de novo組裝; 組裝策略; 二代測序; 三代測序; 金針菇;