近些年來，由于長期使用廣譜抗生素、免疫抑制劑和激素等，導致了真菌系統病（深部疾病）的不斷出現，發現其中許多致病菌是條件致病菌，已引起世界范圍的普遍重視，推動了研究方法的改進，使醫學病原真菌的研究取得了很大的進展，改變了以往認為真菌只能引起“疥癬之疾”而不受重視的局面。隨著醫療衛生事業的發展，藥用真菌日益引起人們的重視，在世界范圍內已成為探索和發掘新藥的重要領域之一，并顯示出廣闊的前景。在當前的抗癌藥物篩選中，真菌顯示出巨大的潛力，據報道，目前發現有40個屬的真菌發酵物具有抗癌活性，這主要是真菌多糖和萜烯類化合物。
1960年黃曲霉毒素的發現以及它對動物的毒性和致癌作用，引起了人們對真菌毒素的研究。僅以黃曲霉毒素而言，在1960年后的10年中就發表了上千篇的研究資料。目前已知的200多種真菌毒素中，至少有10多種可引起人和實驗動物致癌，如黃曲霉毒素、雜色曲霉素、黃變米毒素和鐮刀菌烯酮等。
分類的目的是以進化論為理論基礎，要求分類系統總結進化的歷史，反映生物的系譜。在此思想指導下，近30年來分類學呈現了百家爭鳴的局面，出現了許多新分類系統（見第十三章和第十五章）。但是，近年來由于生物八界系統的出現，真菌所包括的范圍有了較大的改動，1995年出版的權威性《真菌字典》第8版中，僅把真菌界分為壺菌門、接合菌門、子囊菌門和擔子菌門。隨著生物技術的發展，對真菌在生物界的地位有了新的認識。
    隨著真菌學理論研究的不斷發展，在這一時期一門新興的應用真菌的現代學科——菌蕈學（Mushroom Science）形成和發展起來。其中心內容包括菌種培育、堆肥制備、段木準備和栽培管理等幾個主要組成部分。菌蕈學的興起使得食用真菌的研究得到飛躍發展。