食用菌與一般農作物不一樣，其生育期短，組織柔嫩，投藥能力差，且子實體易于積累化學農殘毒，影響食用菌的風味和人的身體健康。其次，由于食用菌與大多數雜菌及病原菌具有同源性，且目前還沒有高效的選擇性殺菌劑可供使用。因此食用菌病蟲毒及雜菌的防治應該以預防為主，強調環境控制和物理防治相結合的綜合防治辦法。
       一、防治原則 
       1、預防為主，綜合防治； 2、選用抗病、蟲害品種及進行合理栽培管理； 3、組織較完整的防治系統，減少或控制病害來源。
       二、注意事項 
       1、子實體生長期短，又直接食用，嚴禁使用劇毒農藥。 2、需化學藥劑輔助治療時，一定要選用有產品登記號的高效、低毒、低殘留藥劑，并做到適時、適量合理使用。 3、出菇期間禁用化學藥劑防治。 
       三、綜合防治措施 
       1、菇場設計科學 從防止有害生物角度出發，把原料庫、配料廠、肥料堆積場等感染源區與菌種室、接種室、培養室、出菇棚等易染區隔離；防止材料、人員、廢料等從污染出流動到易染區；有條件的菇場，應將培訓室與出菇棚分開，以減少培養期污染。 
       2、環境衛生清潔 搞好環境衛生是有效防治多種有害生物的重要手段之一，也是其他防治技術獲得成功的基礎。做好日常清潔衛生工作，將廢棄物和污染物及時燒毀或沒埋；及時清理周邊環境中的雜草、積水及各種有機殘體，避免病蟲滋生；避免使用不清潔的污水；周時控制栽培場人員流動。此外，每一季栽培結束后，應徹底清理菇場。 
       3、選用適宜品種 選用抗病蟲性、抗逆性強的菌種；同時，使用菌齡適宜的菌種，并通過適當加大播種量，增強抗病蟲能力。 
       4、配料慎重合理 生產選用新鮮、無變質的原材料；配料時勿添加過多糖、糧類營養，拌料時要求偏弱堿性。嚴格滅菌操作，避免滅菌不徹底造成的批量污染。
       5、實施輪作換茬 對于發生過嚴重性病害、蟲害的出菇棚或栽培場所應采取換茬或輪作的方法，避免病蟲害再次爆發。 
       6、物理防治較好 菇場設施的門窗要安裝防蟲網、紗窗等；出入菇房隨手關門，防止蠅、蚊成蟲飛入產卵。發菌期間防止溫差過大或過高等不利于菌絲生長的情況出現；出菇期間防止高溫高溫，有利于減少病害發生。此外，人工捕殺、人工誘殺等措施也是有效的蟲害防治辦法。 
       7、生物防治最佳 生物防治技術是實現無公害食用菌生產的關鍵技術，雖然尚處于技術起步階段，但符合發展要求，前景樂觀。目前投入使用的產品種類有：細菌制劑，如蘇云金桿菌用于防治螨類、蠅蚊、線蟲等；植物制劑，如魚藤精、煙草浸出液等，這些生物藥劑可以對多種食用菌病蟲害起到一定的防治作用。