靈芝菌種在生產應用中，經過多次無性繁殖和其他條件的影響，常常出現菌種老化和退化的現象：接種后菌絲生長緩慢，纖細，菌絲稀疏，栽培出的靈芝會變形、變小而畸形，因此必須采取措施，進行菌種的復壯，一般采取以下幾個措施：
　　1. 培養基滅菌時間和溫度要切實掌握，酸堿度要適宜。
　　2. 制作培養基的配方靈活掌握，經常更換，幾種培養基可交替使用。
　　3. 菌種培養溫度、濕度適宜，嚴防高溫高濕，杜絕雜菌污染。
　　4. 母種轉管次數不能太多，一般不超過5代。
　　5. 靈芝菌種每年復壯一次，選擇個體大，菇形漂亮、健壯無病蟲害的子實體進行組織分離或孢子分離，再去劣存優，進行擴大繁殖，提高菌種質量。