食用菌菌種病害可分為生物侵染和非生物侵染兩類型，在這里主要介紹生物侵染引起的病害。由微生物引起的病害有細菌的、放線菌的、酵母菌的、霉菌等。細菌侵染使斜面菌種的菌絲不能正常伸展，并在培養基面上見到糊狀或蠟狀物，聞到腐臭味。在谷物培養基里使谷物發軟、漸變黑褐色，有粘狀物，有腐臭味。這些細菌種類有產生芽孢的枯草桿菌、蠟狀芽孢桿菌等，這類菌體抗熱、抗逆性強，不易殺滅。還有假單孢桿菌、黃色單孢桿菌等。主要是培養基滅菌不徹底或接種不規范或原來菌種帶入造成的。放線菌侵染的病害主要有由白色鏈霉菌、鏈霉菌、濕鏈霉菌、諾卡氏菌引起，放線菌早期菌絲體白色，緊密絨毛狀，后期產生孢子成粉末狀，與培養基的石膏粉粒相似，并有土腥味。酵母菌引起的病害主要有紅酵母、橙紅酵母等。酵母菌侵染后產生的癥狀與細菌的相似，但菌落較大，而且多為白色或紅色，沒有氣味或有輕微酒味，多在含糖分高的培養基感染，做好菌種滅菌工作就可防止了。菌種被霉菌污染的主要有青霉、木霉、曲霉、毛霉、根霉、脈孢霉、鐮刀菌等微生物。霉菌是絲狀的真核生物，菌絲比放線菌粗大，故較易肉眼觀察。霉菌污染產生大量白色菌絲，后期因菌種不同而產生青色、青綠色、褐色、黑色、黃綠色、紅色、橙紅色的分生孢子或孢子囊。一般感染毛霉、根霉、曲霉、脈孢霉的菌種在早期可發現，青霉、木霉多在中后期發現，甚至在菌種成熟貯藏期發現。
食用菌菌種生產中常見害蟲是螨類，俗稱菌虱。這些螨類體積小，肉眼不易發現，大量繁殖時很多個體堆積在一起呈啡色粉狀堆物。螨類可以通過棉塞侵入到菌種中，取食食用菌的菌絲體，所以菌種培養時發現有退菌現象，可能是螨類造成的。
