防止菌種退化的措施有：保證菌種的純培養，注意不要用被雜菌污染的菌種，不要近距離相連接培養；嚴格控制菌種傳代次數，減少機械損傷，保證菌種活力；適當低溫保存菌種，低溫型菌種如蘑菇、香菇等，在4℃　有利于保存菌絲體的活力，高溫型菌種如草菇在　16℃　有利于保存菌絲體的活力；避免在單一培養基中多次傳代；菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現退化；菌種要定期進行復壯，在適溫、合適酸堿度、充足氧量、無雜菌培養等條件下進行；每年進行孢子分離，以有性繁殖來發現優良菌株，以組織分離來鞏固優良菌株的遺傳特性。