一、菌種退化的原因
1、機械混雜引起的退化菌種試管或袋內只含有所需要的菌種菌絲體，而不能含有其他種類的雜菌。
2、不重視人工選擇引起的品種退化一個品種在使用過程中，會經常發生一些自然突變，雖然對表現型影響較大的突變發生頻率很低，但是微型突變卻是經常發生的，這些突變中，往往是有利的變異少，而不利的變異多。
二、防止菌種退化的措施
1、創造菌種生長的良好營養條件和生活環境：適宜的菌種培養基，能使菌種生長健壯，減少衰退，營養不足和過于豐富對菌種生長均不利；因為菌種的生長繁殖受物理、化學和生物等外界條件的制約，所以適宜的條件，會使菌種生長良好，衰退減慢；如果條件不適宜，則會加快菌種衰退的速度。
2、在菌種傳代保藏中，經常改變培養基的配方成分，切忌連續使用某一培養基固定配方，這也是防止菌種衰退的一項重要措施。
3、控制菌種傳代次數：菌種傳代次數越多，產生突變的機率越高，菌種發生衰退的機會就越多。在生產中應嚴格控制菌種傳代次數，一般不能超過5代。
