食用菌病蟲害的防治應遵循“預防為主，綜合防治”的植保工作方針，利用農業化學、物理、生物等進行綜合技術防治。以選用抗病蟲品種，合理的栽培管理措施為基礎，從整個菇類的栽培布局出發，選擇一些經濟有效，切實可行的防治方法，取長補短，相互配合，綜合利用，組成一個較完整的有機的防治系統， 以達到降低或控制病蟲害的目的，把其危害損失壓低在經濟允許的指標以下， 以促進食用菌健壯生長，高產優質，食用菌病蟲害的綜合防治應做好以下幾方面環節：
一、搞好環境衛生，堵絕蟲源、菌源。
1、接種室、培養室要有專人負責打掃、消毒、定期檢查 、發現有污染的菌種立即處理，不可隨地亂丟。
2、發菌房、栽培房要預先徹底消毒。
3、發現病菇 、蟲菇要及時除去 ，采下的病菇 、蟲菇要集中毀或深埋，不可丟在菇房邊。
二、提高栽培管理技術水平
1、選用純正、抗蟲、抗病和菌齡適宜的菌種，適時某種 ，以保證接種后恢復生長快，生長健壯，抗病蟲能力強。
2、選用優質、無霉變、無蟲蛀的栽培材料，培養料配比要合理，并進行嚴格的滅菌、殺蟲。
3、接種應嚴格按照無菌操作規程， 提高成品率 ， 既可降低成本，又可減少病蟲源。
4、根據食用菌的特性進行科學管理，創造適宜的溫 、濕及通風條件，盡量使環境條件對食用菌生長發育有利，對病蟲害的發展蔓延不利。
5、在栽培管理過程中要經常地、認真細致地進行檢查 ，一旦發現病蟲害，就要及時采取措施進行防治控制，防止擴散蔓延。
三、藥劑防治
食用菌上不提倡合作藥劑，尤其是在出菇期，食用菌栽培周期短，且直接食用，農藥極易殘留在子實體內。在栽培過程中，必須使用農藥時應注意，以下幾點：
1、嚴禁合作劇毒農藥，對殘效期長，不易分解及有刺激性氣味的農藥，不能直接用于菌床或菌袋上。
2、盡量選用高效、低毒、低殘留、對人畜和食用菌無害的藥劑，并掌握適當的濃度，適期進行防治。
四、生物防治
從理論上講，食用菌病蟲害采用生物防治是最理想的，由于它不污染環境，沒有殘毒、食用菌的生產場所范圍小，人工容易控制，更有利于生物防治技術的應用。 但由于食用菌生產周期短、困難較大。 目前，有用農用抗菌素防治細菌性病毒，應用增菌提高食用菌的抗病性、產量和品質，用寄生性線蟲來防治蚤蠅、癭蚊和眼菌蚊等。生物防治技術在未來的食用菌病蟲害防治中有廣泛的應用前景。
