通常情況下，草菇播種后12小時左右，菌種塊就應該萌發，并開端向料內生長。如果播種后24小時，菌絲仍未萌發或仍不向料內生長，就可能是菌絲發生萎縮。
1、高溫燒菌：當培養料內的溫度長時間超過45℃時，就會使菌絲萎縮死亡。
2、藥物影響：草菇對農藥十分敏感，播種后，菇農為了防病殺蟲噴灑了農藥，致使菌絲因藥害而萎縮。
3、缺氧窒息：培養料含水量過高(超過70%)，或塑料薄膜覆蓋過嚴，使草菇菌絲因缺氧窒息而萎縮。
4、氨氣危害：培養料內尿素添加過量，或田內化肥含量高，揮發出來的氨氣分發不了，即對草菇菌絲造成損害。
5、菌種拙劣：菌種的菌齡太短或太長，生長減弱，抗逆性差，在環境條件不適宜的情況下即萎縮。
6、溫差過大：草菇的菌絲對溫差較敏感。如白天氣溫在32℃以上，夜間在28℃以下，噴重水后，即會發生菌絲萎縮。
7、發生害蟲：培養料中發生害蟲，因為害蟲的咬食危害，致使菌絲萎縮。
