1.鮮藏 新鮮的有機平菇在室溫3——5℃、空氣相對濕度80%左右時，可貯存1周。溫度增高，濕度也要增加。
2.冷藏 冷藏可以在接近0℃或稍高幾度的冷藏室中進行，冷藏過程中要經常檢查箱內的空氣濕度，貯藏時間應控制在7天以內。
冷凍保鮮方法是將新鮮的有機平菇子實體在沸水或蒸汽中處理4——8分鐘，放到1%檸檬酸溶液中迅速冷卻，瀝干水分后用塑料袋分裝好，放冷庫中貯藏，量少時可放冰箱中貯藏，能保鮮3——5天。
3.氣調貯藏 適當降低環境中氧氣的濃度，增加二氧化碳的濃度，可以抑制采摘后鮮菇的呼吸作用，延長保鮮期。有機平菇在低溫下可耐25%的二氧化碳濃度。
在氣調室內，從封閉時空氣正常組成至達到要求的氣體指標，有一個降氧氣和升二氧化碳的過程，降氧期越短越好，這樣貯藏的菇體可盡快脫離高氧氣的環境，獲得最佳的氣調效果。
4.輻射處理貯藏 將成熟的有機平菇子實體用塑料袋封裝，采用200千拉德劑量輻射處理，在15℃左右條件下貯藏，可保鮮2周左右。
