1、香菇種植基料混配的比例很重要，每種原料都必須嚴格按照合理科學的比例進行混配，糾正“越多越好”的錯誤觀念。針對某些微量元素，在掌握尺度上，我們盡量本著“寧少勿多”的原則，如果某一種原料成分超過上限，可能造成相反的效果。比如石灰、過磷酸鈣、石膏、尿素等原料添加招標便可能爛棒。另外，水分過大，原料混拌不均，或者原料混拌后沒有在短時間內高溫滅菌消毒，使基料變酸，PH值發生變化也會導致爛棒現象發生。
2、在養菌的過程中，養菌場地長時間通風不良，致使場內氧氣不足，二氧化碳含量超標，菌絲活力減弱，發生回菌退菌現象，導致菌絲發育受到抑制也會發生爛棒現象。
3、在菌絲發育階段由于場地持續高溫，特別是在刺孔放氣時堆溫驟然升高發生“燒菌”現象，造成菌絲萎縮甚至死亡。
4、養菌場地遮光不當，菌袋被陽光直射，紫外線灼傷菌棒內的菌絲，出現局部淌黃水或者紅水，引發潰爛傳染。
5、菌棒補水超標，或者補進菌棒內水分溫度偏高，碰巧趕上高溫潮濕天氣，如果管理時處理不及時很容易造成爛棒現象發生。另外，菌棒補水后沒能有效出菇，導致菌棒內水分不能隨著出菇帶出，也是導致爛棒發生的原因。
6、采菇作業時沒有及時清理菇根，或者由于采菇手法有誤，帶出大塊菌料，造成菌棒受傷，噴水后很容易造成有害霉菌滋生，導致菌棒潰爛松散。
