由于新鮮的金針菇中含有秋水仙堿，人食用后，輕易因氧化而發生有毒的二秋水仙堿，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。一般在食用30分鐘至4小時內，會涌現咽干、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀;大量食用后，還可能引起發熱、水電解質平衡雜亂、便血、尿血等嚴重癥狀。
秋水仙堿易溶于水，充分加熱后可以被破壞，所以，食用鮮金針菇前，應在冷水中浸泡2小時;烹飪時把要金針菇煮軟煮熟，使秋水仙堿遇熱分解;涼拌時，除了用冷水浸泡，還要用沸水焯一下，讓它熟透。另外，市場上出售的干金針菇或金針菇罐頭，其中的秋水仙堿已被破壞，可以放心食用。
溫馨提示：金針菇并非人人咸宜。傳統醫學以為，金針菇性冷，脾胃虛冷、慢性腹瀉的人應少吃;關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。
