在當前食用菌產業升級轉型的階段過程中，比較重要的因素筆者認為是區域性、經貿和創新三個方面。無數事實說明，在食用菌產業發展中都會受到一定程度的區域性競爭優勢影響，比如食用菌工廠化就呈現出比較明顯的地域集中特征（多集中在食用菌發達的沿海地區如福建省），這些地區產業內部之間規模和集中的聯系度較強，上下游關聯產業之間存在嚴格的地域區分范疇差別。
       目前，我國一些食用菌地區食用菌工業化的地域集中現象比較典型，比如，與之相對應的食用菌工業化較高檔次的研發中心大多也集中分布在中心城區，究其原因，則是因為這些地區是食用菌區域經濟、經貿、技術產業群的匯聚地，基礎設施比較發達，投資一般大手筆，水平也較高，優勢條件促進食用菌產業形成地域集中。在這樣一個動態演化過程中，部分食用菌產區借助產業集聚開始具有區域性競爭的強大優勢。
       食用菌產業升級轉型的階段，旺盛的經貿活力能大大增強一個地區食用菌的發展水平。比如，我國的很多食用菌都在東部沿海開放城市獲得巨大的經貿優勢，內外貿易的比較優勢和相對優勢加速促成了食用菌區域產業集群的形成。由于存在市場需求，有地域區位優勢的產區開始產生食用菌專業市場，相聯產業也逐漸集聚發展，食用菌企業和區域創新能力得到提高，進而反過來強化集聚力、增強創新能力。
       我們可以假想在這么一個過程中，其中一個食用菌產區最初已經取得了自我強化的產業化升級優勢，而這一優勢使該產區的經濟效益高于其它產區，然而，由于產品需求的不斷上升，增加了食用菌產區的活動水平，從而強化了匯聚，也抬高了成本。隨著這一過程的不斷推進，地域間的成本差距可能會大到無以為繼，這時候，單個企業在另一個食用菌產區發展就會有利可圖，這個地區又會開始發展自身的自我強化優勢。這里企業選擇新的產區發展并不是盲目的，經貿的比較優勢和相對優勢依然很適用。
       促進食用菌新技術形成投入越多的地域會有更多的創新成果產生，新技術的地域性集中提供了促進信息傳遞、降低創新活動的風險及成本的技術基礎。實證估計表明，食用菌產品創新的區位與基本的技術基礎設施相關，而技術投入的區域與一個產區的競爭優勢是相互增強的，新技術發展越快的產區也是創新越頻繁的地區。
       食用菌產業的地域集中和產業匯聚是一個動態過程，某一區域的競爭優勢促成了產業的地域集中和產業匯聚，反過來，產業的地域集中和產業匯聚又鞏固和增強了這個地區的競爭優勢。產業的地域集中和產業匯聚呈現出較強的正相關性，它們可能強化區域創新水平，但這二者對創新的推進作用相對較小，創新更多地由人力、技術、管理等因素推動。
       由上分析，引導食用菌產業升級轉型要注意把握好區域性、經貿和創新三個方面之間的相關關系。
       首先，要順應食用菌產業發展的區域性選擇規律，引導東部沿海食用菌發達地區逐步向中西部、東北等欠發達地區轉移，擴展經貿發展空間。東部沿海食用菌發達地區食用菌的發展日益受到資源、勞動力等因素的制約，而中西部及東北落后地區在這些方面則具有區域比較競爭優勢，適宜承接東部沿海地區的食用菌產業的大轉移。
       其次，創新食用菌發展環境，發展食用菌產業集群。食用菌專業市場發展成為產業集群是產業匯聚的必然結果，食用菌產業升級轉型首先是東部沿海發達地區所面臨的一道坎，這些發達地區具有一定的領先優勢，現在則需要想盡各種辦法，利用各種手段，集中力量發展一批具有國內外競爭優勢的食用菌產業集群。
       再次，集約食用菌發展要素，提高食用菌創新水平，以創新促發展。如今，食用菌工廠化發展模式已經受到業內人士的廣泛認同，由于其集約資金、技術、人力、土地等各項要素，使得所在地的區域創新能力大大增強。當前，應考慮依據區域食用菌產業發展狀況，選擇若干資源環境承載能力較強、發展潛力較大的食用菌產區建立幾條大型產業帶，提高區域創新水平，應采取相應措施，積極引導各項要素和產業向這些地區集中。