根據真菌的生態習性和營養方式，可分為腐生真菌、共生真菌和寄生真菌3類。
（1）腐生真菌 從死的動植物或無生命的有機物質吸取養分的稱為腐生真菌。腐生真菌與動物和細菌共同分擔著腐爛動植物殘體的任務，尤其是分解纖維素、半纖維素、甲殼質和木質素的作用，對碳等元素的自然循環利用有著重要的意義，但對人類的經濟生活也造成一定的危害。
（2）共生真菌 與活的動植物有著互惠互利關系的稱為共生真菌。其中較為多見的共生真菌與活的植物營養根共生形成菌根。菌根真菌應用到植樹造林、培育幼苗、綠化工程等方面均有重要的社會和經濟效益。
（3）寄生真菌 從活的動植物吸取養分的稱為寄生真菌，寄生真菌多數引起動植物病害。寄生與腐生兩者之間還有不同程度的各種中間類型。大多數真菌在正常的情況下無論是否寄生，都能生活在已死的有機物上。
根據真菌的經濟用途還可分為食用真菌、藥用真菌、菌根真菌和有毒真菌。
