食用菌栽培做為一項投資小、周期短、見效快的致富好項目在中國得以迅猛發展，食用菌產品曾一度供不應求，賣價不菲。食用菌產業是一項集經濟效益、生態效益和社會效益于一體的短平快農村經濟發展項目，食用菌又是一類有機、營養、保健的綠色食品。在其生產過程中，農藥的安全使用也是相當的關鍵。以確保產品安全和施藥者的人身安全。農藥安全規則如下：
　　一、要對癥下藥
　　食用菌發生眼蕈蚊、糞蚊，棚室500倍敵百蟲對菇蠅類的成蟲、幼蟲有特效，但對螨類殺傷力差。平菇對敵敵畏敏感，濃度稍大就可能產生藥害，最好改用敵百蟲或辛硫磷。雙孢菇對敵百蟲敏感，最好改用敵敵畏。如果有蚊蠅類和螨類同時發生，用辛硫磷和殺螨劑混配效果較好。
　　二、知藥選藥
　　食用菌生產用藥前應先熟悉農藥的性質 ，應了解殺蟲劑和殺菌劑兩大類的區別，分別用于防治蟲害和病害，不能互換。殺螨劑不能替代殺線蟲劑。要熟悉農藥的理化性質、作用特點、使用方法、濃度與噴灑時間等。
　　三、使用濃度合理
　　食用菌生產中要根據藥劑種類、病蟲害、食用菌不同生長階段，確定用藥濃度。一般播種前堆料及菇房物料消毒用藥范圍和濃度相對大一些，播種后及出菇前用藥要嚴格控制在安全范圍之內，子實體階段濃度應更低一些。如辛硫磷加殺螨劑防治螨類等害蟲，堆料到出菇前用500倍液，而子實體階段必須用藥時應降至1000倍液。
　　四、選用高效低毒低殘留的藥劑
　　選用高效低毒低殘留的藥劑，禁用劇毒農藥  常用的殺菌劑有多菌靈、百菌清、克霉靈、代森鋅、甲基托布津、波爾多液、石硫合劑和硫磺粉等：常用的殺蟲劑有辛硫磷、敵敵畏、敵百蟲、殺滅菊醋、磷化鋁、殺螨特等。也可使用微生物制劑。無論是拌料、堆料或是菇房防治，嚴禁選用劇毒的、殘留期長的有機汞、有機磷等藥劑。不同藥劑交替使用可避免病菌、害蟲產生抗藥性而降低藥效。