平菇菌種的分離：(1)種菇的挑選用作組織分離或孢子分離的平菇種菇，必在抗逆性強的高產群體中挑選出菇早、菇形圓整、柄短、肉厚、大小適中、無病蟲危害，五六成熟(內菌膜部分破裂)的菇體作為種菇。
      由于第一潮、第二潮菇較能體現早熟性狀，而且菌棒養分充足、菇體健壯，用其作孢子分離或組織分離，易得到具有本品種(菌株)特征的菌絲體純培養物(菌種)。所以，應在第一潮、第二潮菇中挑選種菇。(2)組織分離步驟平菇可采用組織分離法獲得菌種。
      主要步驟如下：第一步，挑選出菇早、菇形圓整、肉厚、大小適中、無病蟲危害、五六成熟(內菌膜部分破裂)的菇體作為種菇，采收后裝入無菌紙袋內(忌用塑料袋)。
      第二步，在無菌條件下，先用酒精棉球對菇體進行表面消毒，然后手持菌柄將菇體撕成兩半，取手術刀并用火焰滅菌，待刀冷卻后在菌蓋、菌柄交界處挑取米粒般大小的菌肉1塊，移植到事先配制并經過滅菌的馬鈴薯瓊脂培養基斜面上培養。
      第三步，在溫度25℃、干燥、避光的條件下培養3~5天，可看到分離物表面長出白色絨毛狀菌絲，呈星芒狀在培養基上生長。培養期間，應每隔1~2天檢查1次，隨時淘汰霉菌或細菌污染的培養物。培養10~15天后，再做1次轉管培養，即可得到平菇母種。然后經栽培試驗，確認其可以正常出菇后方可用于菌種生產和栽培。組織分離物獲得的菌種不能直接作為生產用種，這是因為生產用種會數以千萬倍地繁殖，而分離物未經過群體一致性的檢驗和種性檢驗。即使其親本是優良品種，但這個分離物自身是否完全保留了親本的優良性狀，在未做全面檢驗和測試之前，仍是一無所知的。
      目前，對食用菌菌種的某些生產性狀雖可進行室內的初步鑒定，但是，作為生產上應用種源，完全靠實驗室內的實驗技術進行鑒定和測試還是遠遠不夠的，還應對于未知性狀的培養物做出菇試驗。組織分離物栽培中將會有何種表現，在做出菇試驗前，從理論上預測其與親本的差異不會很大。
      從數學概率論上分析，組織分離物的綜合性狀和質量水平會有3種情況：一是與親本相近，但不會完全相同；二是優于親本；三是劣于親本。從生產實踐中認識到，組織分離的培養物需要有較大的數量作基礎，才可能獲得優于親本的個體。如果只是隨手做1~2個或幾個組織分離，雖然可獲得菌種，但是做出菇試驗的結果多表現性狀不及親本?；谏鲜鲈颍M織分離得到的培養物，未經全面鑒定和測試，不能作為生產用菌種投入使用。