袋栽花菇與常規袋栽所不同的是當菌絲長滿袋后不經脫袋，直接搬入菇棚，不脫袋有利于加大菌袋內外的溫差和濕差，特別是在高海拔山區，有利保護菌筒免受低溫的影響而延長轉色的時間，同時可使菌筒不易脫水，在頭批菇采收前，可免去灌注水分的麻煩。出菇前后的管理工作，主要的是：
①刺孔增氧 在發菌期間，應及時刺孔增氧，通常刺孔3次，其具體做法與上述雙棚中袋春栽法大致相同。
②菌袋上架 當菌筒表層形成紅棕色菌膜時，可將菌袋搬人菇棚的菇架上，橫放在各層縱橫設置的小竹竿上，袋與袋之間保持5～8厘米的距離，使出菇時不至互相擠壓而變形。菇棚內地面應先鋪覆干的粗沙或蓋地膜，以減少因地面的土壤水分蒸發而提高空氣相對溫度。棚頂的覆蓋物適當加厚，防止強烈陽光直射。菌袋排放后，放下菇架四周的薄膜，以保溫保濕，并定期通風。經晝夜溫差、低溫等刺激之后，即逐漸出現菇蕾。
③適時開孔 當菇蕾長至1～1.5厘米時，剪去菇蕾周圍 3／4的薄膜，讓菇蕾從孔口向外長出。菇蕾發生過密時，要留優去劣，每個菌袋留有4～6朵分布均勻，生長健壯的菇蕾即行，以提高質量。
④調控生態條件 菇蕾生長初期，白天蓋膜，夜間揭膜，以加大溫差刺激，促使健壯生長。當幼菇長至2.5～3厘米時，疏稀棚頂覆蓋物，增加散射光。溫度保持在8～16℃，空氣相對濕度保持在65％左右。水分管理，掌握寧干勿濕的原則，除了溫度過低或雨天需要及時蓋膜外，菇架四周懸掛的薄膜，不論晝夜要全揭開，讓低溫、漫射光和干燥的微風等刺激，促進花菇形成。
海拔800米以上的高山地區，從秋末至春初都能產生花菇。海拔較低山區，花菇集中在冬季產生，當溫、濕度到了不適宜產生花菇時，則應脫袋浸水催菇，促使產生一股香菇(非花菇)，以提高香菇總產量。
