1.針狀菇：主要表現為子實體上部尖細，菌柄稍粗，呈針狀。主要原因是二氧化碳濃度太高，抑制了菌蓋的生長。防治方法是：保證良好的通風條件，避免開袋過遲，套袋后每天要進行一次通風換氣。
2.提前開傘：子實體還沒有充分發育成熟，菌蓋卻偏大，過早開傘。主要原因是與菌袋質量有關，其次要看是否被細菌、真菌污染，再者與出菇過程中空氣、光線、濕度、溫度有關，另外還有可能是輔料麩皮含量過低所致。防治辦法是：嚴把滅菌、接種關，出菇期空氣、光線、濕度協調好，一般品種出菇溫度不高于15℃，麩皮含量不低于20％，這樣才能使菌絲粗壯、產量高。
3.水菇：所謂“水菇”，是指子實體就像在水中浸泡過一樣，呈半透明狀，幾乎沒有商品價值。主要原因是：溫度高、噴水太多，水分蒸發慢，水分都存留在子實體上。防治辦法是：噴水次數不應太多，菇房空氣濕度應保持在80％左右，定期通風。
4.菌柄基部茸毛聯結：子實體基部茸毛多少直接影響到金針菇的商品價值。主要原因是與濕度和空氣有關。防治辦法是：避免空氣濕度過干或過濕，否則就容易產生茸毛；另外，在幼菇期容易出現二氧化碳濃度過高、氧氣不足，因此應增加袋內含氧量。
5.側生菇：主要表現為子實體不是從培養料表層長出，而是多數都長在菌袋側壁上。主要原因是：培養料裝袋過松，培養料脫離菌袋就極易長出子實體，消耗養分。防治辦法是：培養料裝袋時一定要松緊一致，盡量使用裝袋機，避免出現菌袋過松現象。
