我國食用菌代料栽培，始于上世紀60年代上海市農業試驗站（上海市農業科學院前身）用鋸屑壓塊栽培香菇。1972年，河南省劉純業用棉籽殼生料栽培平菇，使食用菌代料栽培取得突破性進展。后來，各地相繼試用各種工農業下腳料和野草來栽培食用菌，都已成功。工農業下腳料和野草含有適于食用菌生長發育所需的碳、氮、磷、鉀、鈣、鎂等主要營養物質，其中以棉籽殼和野草最好。不過不同種類的食用菌，其栽培代料也是不同的。發展食用菌在生態農業中的作用是什么？下面來簡單介紹一下。
      食用菌是生態農業的一個重要“鏈節”。利用各種工農業下腳料、野草和各種動物糞便來栽培食用菌，不僅可以化害為利，變廢為寶，還可以建立一個多層次的生態農業系統。纖維素、半纖維素、木質素是植物的主要成分，它們最難降解，而食用菌的菌絲至少有3種纖維素酶，可順利地把纖維素分解為葡萄糖，并將氮源迅速轉化為蛋白質，碳源轉化為碳水化合物，使有機廢物進入食物鏈，加入生物循環系統。由此可見，發展食用菌是非常有必要的。
      食用菌的培養料還可以多次循環利用。栽培過食用菌的培養料，其中養分得到了提高，被譽為“超級堆肥”。栽培過食用菌的培養料可作為飼料，因經過復合酶的分解，其纖維素降解50%左右，木質素降解30%左右，質地疏松，色、香、味俱全，營養價值相當于同量玉米，是禽、畜、魚的優良飼料。
      栽培過鳳尾菇的稻草，易為沼氣發酵微生物所利用，產氣早，速度快。再用沼氣渣種蘑菇，產量提高1/3。利用20%發酵渣，加80%棉籽殼種平菇，單產比純棉籽殼高26%，互為有利。沼氣肥水放入魚塘養魚，沼氣渣養蚯蚓，蚯蚓喂雞，雞糞喂豬，豬糞再種菇，蚯蚓糞下地……這些過程，都提高了資源的利用率。
      栽培食用菌的培養料還可種其它食用菌。經過菌類的降解，培養料的可溶性養分增加了，尤其是三羧循環中的有機酸，可以成為一種很好的碳源。菌類代謝產物中可能還存在著某些具有生理活性的物質，可刺激另一種菌類生長。如種過草菇的棉籽殼可種平菇，生物效率50%。種過平菇的棉籽殼也可種草菇，生物效率26%~27%。
有些食用菌的培養料還可以進行二次栽培。比如用棉籽殼栽培平菇，在采完最后一潮，如果未感染病蟲害，可將料面清理干凈，剔松表層，補足水分，每平方米再加調好水分的濕棉籽殼5公斤，攤平壓實，照常管理，經20天就可出菇，產量同前。再比如瓶栽的平菇采收1~2次后，可壓塊栽培，再采收1~2次，可埋入土中園栽。也可將壓塊栽培的采收2~3次后再園栽，或袋栽后園栽，或袋栽后塊栽、塊栽后園栽。
      各種工農業下腳料及野草作為燃料一次利用，只能利用其能量的10%，還污染環境，作為肥料（秸稈還田），也是一次利用，只利用其中的有機質和礦物質，其產值為最佳循環利用的1/（39~75）。用來作為飼料“過腹還田”，為兩次利用，只利用了有機質、營養物質和礦物質一部分，其產值為最佳循環利用的1/（31~68）。用作動物飼料，把動物糞便入沼氣池，沼氣渣水用作肥料還田，為三次利用，又可利用其能量的60%，其產值為最佳循環利用的1/（11~22）。最佳循環利用是在三次利用基礎上，將沼氣渣種菇，沼氣水養魚，食用菌廢培養料養蚯蚓，蚯蚓用作禽畜魚飼料，蚯蚓糞還田，使每一鏈節都無廢物。由此可見，發展食用菌在生態農業中的作用是非常吸引人的。