【作者】李廣 劉淑艷 李玉 陳艷秋
【機構】吉林農業大學食藥用菌教育部工程研究中心 延邊大學農學院
摘要：盤基網柄菌Dictyostelium discoideum是目前黏菌中研究最清楚的模式生物,其捕食過程與肌動蛋白的多聚化密切相關。為探討盤基網柄菌肌動蛋白的序列特征,本研究利用生物信息學方法分析了盤基網柄菌32條肌動蛋白的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction)和可能含有的保守基序。結果表明:盤基網柄菌32條肌動蛋白與其他蛋白存在一組復雜相互作用關系和5組比較簡單的相互作用關系;利用MEME SUITE分別分析盤基網柄菌32條肌動蛋白序列的保守基序和與actin17呈最佳匹配的21種生物肌動蛋白的保守基序,結果共獲得6個保守基序,即motif1,motif2,motif3,Motif1,Motif2,Motif3。其中motif1,Motif1,Motif3為本研究新發現的保守基序,這3個保守基序可定位于Profilin-actin-VASP202–244(PDB ID:3CHW)三維結構的重要位置。以上結果表明actin3,actin10,actin14,actin15,actin17,actin31可能為盤基網柄菌比較重要的肌動蛋白;motif1,Motif1,Motif3可能是盤基網柄菌肌動蛋白在進化中重要的保守基序。
基金：國家自然科學基金(31170013,30970017)； 教育部博士點基金項目(20102223120003)；
關鍵詞：黏菌; 蛋白相互作用; 基序分析;