出菇管理是羊肚菌生產關鍵期，是生產的沖刺階段。羊肚菌幼菇極為嬌嫩，對環境變化十分敏感。因此，生長發育關鍵時期溫潤小氣候至關重要，即氣溫潤是關鍵。近期將進入北京地區羊肚菌出菇管理階段，為確保優質高產，現從催菇、育菇、采菇及病蟲害防治四個方面提出以下技術指導意見，請各種植主體參照執行。
當前期產生的白色菌霜自動褪去或變少，臨近天氣預報顯示氣溫處穩定回升狀態且棚內地溫能夠穩定在6℃以上時，澆一次大水，充分澆透土壤。在環境調控方面，控制棚內的氣溫在5-25℃范圍，使地溫在6℃以上，空氣濕度保持在75%-90%，白天給予一定散射光照射（500-800Lx），時長5-8h。3-5天后觀察到土表有1mm左右的晶瑩剔透的白色針尖大小的原基形成，即完成催菇環節。
原基形成后，即轉入幼菇保育階段，適合原基生長發育的環境條件為：溫度10-22℃，18℃為最佳；空氣相對濕度85%-95%，土壤含水量50%-60%；通風，空氣流動20-40cm/min。羊肚菌的幼菇十分嬌嫩，直到生長發育到3cm的小菇階段，需要盡量保持生長發育環境的穩定。用弓子及時支起地膜，使地膜離地至少0.8m。當小菇長至3cm以上后，逐步揭開小拱棚上的地膜。通過棉被的收放將棚正中位置、離地1m的氣溫控制在5-25℃；通過向過道或空中使用微噴將空氣濕度保持在75%-90%；白天給予一定的散射光照射（800 Lx左右）；白天溫度高時進行小通風（通風以通頂風為要，不能通底風），每天2-3次，每次10-20min。隨著幼菇的長大逐漸加大通風的頻次和時長。
當羊肚菌子囊果長至10-15cm，顏色變成黑褐色，菌帽的凹坑較為明顯時即可采收。采收時用手捏住羊肚菌根部，用刀沿地表切下即可。用刀片刮掉子囊果柄基部的泥土后放在固定容器中，然后直接保鮮銷售或及時烘干存放。
出菇過程中注意通風，避免棚內出現高溫高濕，可有效防止子實體畸形、死菇等生理性病害和預防擬青霉、鐮刀菌等侵染性病害。日光溫室內潮濕的環境易發生菇蚊、菇蠅、蛞蝓、跳蟲等害蟲，采取“預防為主，綜合防治”的方針可有效控制蟲害發生。
