陰天，光照不足，菇棚內相對濕度大，在通風不良的情況下，平菇極容易發生軟腐病、細菌斑點病兩種并發癥。
　　軟腐病是一種真菌性病，其病原體為樹枝狀輪抱霉菌，屬于半知菌綱，叢梗抱目，叢梗抱科。其分生孢子寄生于平菇宿主，出現色菌絲，并迅速蔓延，呈水紅色。平菇于實體染病后變為褐色，最后腐爛。用手攥有大量黃褐色水流粘液，腥臭味。此病發病速度快，流行范圍廣，不及時防治，可造成毀滅性災害。
　　細菌斑點病是一種細菌性病，其病原體為托布蘭氏假單抱桿菌，主要危害平菇，此病只限菌益，菌益表面有水滴凝結時易發生。染病后平菇菌益呈暗褐色凹陷斑點，斑點干后，菌蓋裂開，形成不規則子實體。此病直接影響平菇的產量和質量，減少菇農收入。
　　那么怎樣才能防治這種并發病呢?根據我們的實踐經驗，特向菇農介紹以下綜合防治方法。
　　1.選育抗病品種，培育健壯菌絲，提高平菇抗病力。如：河北無孢子、江蘇野風等，菌絲生長雪白，子實體抗病力強，產量高。
　　2.增大通風量，凈化空氣環境。
　　3.采用陰溝補水方法，維持菇棚相對濕度在65％。
　　4.進行菇棚消毒。白友粉撒于棚壁和棚地，既經濟，消毒殺菌效果又好，不妨一試。
　　5.藥物治療配方(1)農用鏈霉素250萬單位50％克霉靈，10克綠風9550毫升，水14公斤(2)農用鏈霉素250萬單位，綠風9550毫升，綠芬威1號17克，水14公斤
　　方義：鏈霉素是廣譜殺菌劑，可殺滅多種細菌，克霉靈對真菌有很好的抑制和殺滅作用。二藥同用，功能相濟，提高抑制，殺滅雜菌功效。綠風95調節代謝，促進生長，綠芬威1號為營養補品，諸藥按上方配伍，既增強平菇抗性，又殺滅寄生細菌和真菌，達到藥到病除之功效。方法：如上配方任選其一配制混合藥液，子實體和菌面噴霧，每日一次，以子實體不滴落藥液為宜。一般兩次見效，三次痊愈。在噴藥期間，禁止子實體噴水。