3.1 滅菌。 裝完袋需經過滅菌后才能接種黑木耳。目前常用土蒸鍋滅菌，一次可滅菌500～800袋。滅菌時鍋內材料不能排列過密，以便蒸汽流動暢通，滅菌徹底。滅菌時間為8～12小時。滅菌時要防止漏氣；否則鍋內達不到需要的溫度影響滅菌效果。
3.2 接種。 接種室大小可根據接種量而定，一般每5－6平方米可接種1萬袋。有條件可設置一個冷卻間，滅菌后的料袋在冷卻間冷卻到30℃左右時即可接種。
接種前1－2天要對接種室消毒，具體方法：
①將白灰在接種室內四處揚撒。
②放置5－6堆硫磺和鋸未混合物點燃熏24小時。
③用甲醛5－10毫升和5克高錳酸鉀混合熏24小時。
接種前，對鑷子、接種鉗等接種工具應用75％酒精擦拭后點燃消毒，操作人員要用肥皂洗手，并用醫用酒精擦拭。接種時將菌種弄成玉米粒大小，用鑷了夾出，一手打開培養袋棉塞，一手將菌種放人袋內。一般在培養孔放4－5塊，在袋上部周圍放4－5塊，然后用手在外面按一按，使茵種和培養料充分接觸。便于萌發。最后塞上棉塞。
4、對感染性強的污染耳木，菌袋、菌瓶，菌磚應隔離和燒毀。
（三）、藥劑防治：
1、用2%生石灰涂刷被雜菌危害部位可抑制雜菌蔓延。
2、若綠霉菌發生在培養料的表面，尚未深入料內時，用PH10的石灰水擦洗患處，可控制綠霉菌的生長。
3、若發現袋內有黃、紅、綠、青等顏色的斑塊即為雜菌、較輕的可用福爾馬林液注射患處，移到另室單獨培養，仍有一定產量。
