干燥貯存香菇吸水性強，含水量高時容易氧化變質，也會發生霉變。因此，香菇必須干燥后才能進行貯存。貯存容器內必須放入適量的塊狀石灰或干木炭等吸濕劑，以防返潮。
低溫貯存香菇必須在低溫通風處貯存，有條件的可把裝香菇的容器密封后置于冰箱或冷庫中貯存。
避光貯存光線中的紅外線會使香菇升溫，紫外線會引發光化作用，從而加速香菇變質。因此，必須避免在強光下貯存香菇，同時也要避免用透光材料包裝。
密封貯存氧化反應是香菇質變的必經過程，如果切斷供氧則可抑制其氧化變質。可用鐵罐、陶瓷缸等可密封的容器裝貯香菇，容器應內襯食品袋。要盡量少開容器口，封口時要排出襯袋內的空氣，有條件的可用抽氧充氮袋裝貯。
單獨貯存香菇具有極強的吸附性，必須單獨貯存，即裝貯香菇的容器不得混裝其他物品，貯存香菇的庫房不宜混貯其他物資。另外，不得用有氣味揮發的容器或吸附有異味的容器裝貯香菇。
