草菇鏈孢霉生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長后期呈粉紅色、黃色。大量分生孢子堆集成團時，外觀與猴頭菌子實體相似，鏈孢霉主要以分生孢子傳播為害，是高溫季節發生的最重要雜菌。鏈孢霉菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性，一旦大發生，便是滅頂之災，其后果是菌種、培養袋或培養塊成批報廢。其防治方法有：
1、滴柴油 菌袋生產時，如果發現鏈孢霉，要在分生孢子團上滴上柴油，可防止鏈孢霉的擴散。
2、深埋 菌袋發菌后期受害，一般不要輕意報廢，可將受害菌袋埋入深30－40厘米透氣差的土壤中，經10－20天缺氧處理后，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。
3、注射 培養料感病以后，可采用5％的石碳酸、2％的甲醛、1:200倍的50％多菌靈、75％甲基托布津、ph值為10的石灰水注射，抑制鏈孢霉擴張。
