1、菌袋污染
菌袋污染是杏鮑菇栽培中最常見的一個問題，菌袋污染會導致杏鮑菇受到雜菌干擾，影響正常生長，導致種植效益下降。導致菌袋污染的主要原因是由于滅菌工作不到位，在拌料的時候沒有將澆足水，導致料中生心，然后在滅菌的時候沒有將空氣排凈，導致滅菌鍋中有冷氣存在，熱循環受阻。或者是滅菌時間不足等都會導致菌袋污染。
2、菌絲生長緩慢
菌絲生長緩慢會延長杏鮑菇的生長周期，導致產量下降，影響種植效益。導致菌絲生長緩慢可能是由于菌種活力差，因此我們在種植的時候一定要注意選好菌種。然后在栽培的時候注意菌袋裝料的松緊及含水量，保證有充足氧氣，氧氣不足也是導致菌絲生長緩慢的主要原因。最后在發菌的時候要注意溫度，保持在20度以上，通透性過差或者是PH值不適都是導致菌絲生長緩慢的原因。
3、畸形菇
畸形菇也是一種比較常見的問題，畸形菇會嚴重影響杏鮑菇的外觀，降低甚至是導致杏鮑菇失去商品價值。主要是由于在滅菌的時候擠壓菌袋，導致菌袋變形，產生縫隙，然后由于溫度不適、光照過多及各種人為原因導致側面菌絲形成原基，發育成子實體。發現畸形菇之后要及時捏壓菇蕾，防止繼續生長，避免消耗更多營養。
4、子實體過小
杏鮑菇子實體小會嚴重降低產量，影響種植效益，導致杏鮑菇子實體小的原因主要是因為沒有及時疏蕾。在杏鮑菇原基分化后，會在菌袋側面長出菇蕾，不過又因為沒有充足的營養及生長空間，導致這些菇蕾無法繼續生長。但是會繼續消耗營養，導致子實體營養不足，而無法膨大。因此我們在栽培的時候一定要及時疏蕾，防止營養消耗過多，影響子實體的生長。
5、菌絲旺長
菌絲旺長對杏鮑菇會造成較大的危害，影響子實體的生長，菌絲旺長后，子實體會在逐漸萎縮，嚴重的時候子實體黃化死亡。菌絲旺長主要是由于在出菇的時候溫度不適所導致的，溫度突然升高使杏鮑菇無法及時適應，為菌絲生長提供了條件。然后在養分充足的情況下，菌絲的營養水分吸收增加，甚至會導致子實體營養流向菌絲，導致菌絲旺長，子實體死亡，因此我們要控制好菇棚溫度，防止菌絲旺長。
