1、耳木起架管理：必須要協調好耳場的溫度、濕度、光照和通氣條件，但是水分管理是增產的關鍵。這時要求干干濕濕的外界環境，頭兩天早晚要澆足水分，以后根據情況適當澆水，一般在晴天多澆水，陰天少澆水，雨天不澆水，每次澆水時要細霧狀，巡回澆，全澆，澆足，使耳木吸足水分。天晴溫度高時，應早晚噴水，避免在陽光強烈的中十澆水，以免造成爛耳。耳場空氣中相對濕度控制在90％～95％為宜。這樣10天左右子實體便可長大成熟。
2、黑木耳每潮收后應停止澆水：讓陽光照射3～5天，使耳木表面干燥，氧氣從裂縫進入，促使菌絲恢復生長，并向耳木更深的部分蔓延生長。然后再澆水管理，大約經10～15天，可采收二潮木耳。
3、木耳的越冬管理：段木栽培黑木耳時間較長，一般是一年種三年收，當年初收，翌年大收第三年尾收。每年秋末冬初，氣溫下降，菌絲生長緩慢乃至休眠，停止出耳，即進入越冬期。這個時期的管理方法是將耳木集中，仍按“井疊式”等堆放在清潔干燥處，上面覆蓋草或樹的枝葉保溫保濕，防止嚴冬低溫危害菌絲，若天氣干燥應向耳木上適當噴水保濕，到來年春天氣溫回升后，耳木上發生耳芽時，再散堆上架，精心管理，待成熟后采收。
