【作者】呂貝貝 吳瀟 蔣瑋 于海龍 金劍鋒 陳雷 譚琦 唐雪明
【機構(gòu)】上海市農(nóng)業(yè)科學院生物技術研究所 上海市農(nóng)業(yè)遺傳育種重點實驗室 上海市農(nóng)業(yè)科學院食用菌研究所農(nóng)業(yè)部南方食用菌資源利用重點實驗室國家食用菌工程技術研究中心國家食用菌加工技術研發(fā)分中心上海市農(nóng)業(yè)遺傳育種重點開放實驗室 上海市農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)科技信息技術研究所 南京野生植物綜合利用研究院
摘要：采用CodonW1.4.2軟件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因組蛋白質(zhì)編碼序列(coding sequence,CDS)為對象,解析了該菌的有效密碼子數(shù)(effective number of codon,ENC)、密碼子3個位點的GC含量、相對同義密碼子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表達優(yōu)越密碼子。結(jié)果表明:普通羊肚菌全基因組密碼子第2位密碼子的GC含量明顯低于第1位和第3位,第3位密碼子與第1位含量差異不大,分別為57.8%和56.8%,RSCU值大于等于1的密碼子總共35個,其中以G或C結(jié)尾的25個,占71.4%,確定了25個高表達優(yōu)越密碼子。
基金：上海市農(nóng)委項目[滬農(nóng)青字(2016)第1-16號]； [滬農(nóng)科攻字(2015)第5-6號]和[滬農(nóng)科攻字(2015)第(6-1-5)號]資助；
關鍵詞：普通羊肚菌; 編碼序列; 密碼子偏好性; 優(yōu)越密碼子;