在草菇生產過程中，常可見到成片的小草菇萎蔫死亡。究其原因，主要有以下幾種：
     通風不良
     草菇屬高溫好氧性真菌，菇農為了提高棚內溫度，往往延長覆蓋時間，致使棚內二氧化碳積累過多致使小草菇缺氧而死。但通風量太大，水分容易散失，也不利于草菇的生長。應在播種后的4天內，每天上午10時左右通風半小時，隨著菌絲量的增多及“針頭菇”的大量出現，通風時間要逐漸延長到每天2小時。
     氣溫驟變
     草菇屬恒溫結實型食用菌。菌絲生長的適宜溫度為30攝氏度~39攝氏度，低于15攝氏度或高于42攝氏度停止生長。子實體生長溫度范圍為28攝氏度~33攝氏度，20攝氏度以下的低溫或45攝氏度以上的高溫都會使小菇蕾萎蔫死亡。
     濕度不宜
     水分是影響草菇生長的重要因素。水分不足，菌絲體生長緩慢，子實體干枯死亡；水分過多，則會使菇床通風不良，造成大量爛菇、死菇。因此要掌握適宜的濕度，一般培養料的最適含水量為70％，菌絲體生長期空氣相對濕度為80％，子實體生長階段空氣相對濕度保持在90％較為適宜。
     水溫不適
     草菇生長不僅需要大量的水，且對水溫有嚴格的要求，如噴灑低于23攝氏度的水或40攝氏度以上的水，第2天幼菇就會全部萎蔫。因此噴水要在早晚進行，水溫以30攝氏度左右為好。
     環境偏酸
     草菇喜偏堿性的生長環境，當培養料偏酸時，就難以長成菇且易受到雜菌的侵染。故配料時加入的石灰量要達到5％，每采完一潮菇后要噴1％的石灰水或4％的草木灰水，提高pH值。
     采摘粗心
     采摘時，不要碰摸正在生長的幼菇，如草菇密集叢生，要等到大部分草菇符合標準時一起采摘。正確的采摘方法是：一手按住草菇的生長部位，另一只手將成熟草菇扭轉提起，減少對幼小草菇的損傷。
     病蟲蔓延
     栽培管理不當，會導致病蟲害大量發生。培養料含氮量過高時，“鬼傘”大量出現，和草菇爭奪培養料中的養分，造成草菇死亡，所以配料時要控制含氮量。用玉米芯、麥秸、稻草作主料時，應添加5％麩皮或4％發酵腐熟的畜禽糞。螨蟲發生后培養料內的菌絲很快被吃光，床面幼菇大量死亡，在拌料時噴灑800倍液的敵敵畏或敵百蟲，防治效果較好。當料面上出現霉菌時，在污染區撒一層生石灰粉，同時加強通風降濕，抑制雜菌蔓延，保證草菇生長。