銀耳與別的食用菌相比，顯得特別嬌氣，在管理上稍有失誤，病蟲害就會趁虛而入，危害生產，甚至整批失敗。因此，在銀耳生產中必須特別重視對病蟲害的防治。銀耳的主要病蟲害及其防治技術如下：
      一、病原微生物為害 
      1、鏈孢霉：又叫紅飽霉，適宜生長溫度25～30℃，常發生在接種后菌袋的培養基或接種口上，有的也發生在菌袋的兩端。前期菌絲白色，逐步轉為淺紅色，繼而產生大量桔紅色粉狀孢子。夏天氣溫高，蔓延極快。鏈孢霉主要是抑制銀耳菌絲的生長，破壞培養基營養成分，受其侵染的菌袋，出耳率降低，耳片正常伸展受影響，朵形小，產量低。 2、綠色木霉：簡稱綠霉，適宜在溫度15～30℃和偏酸性的環境中生長，常發生在培養基內和子實體階段。前期菌絲呈白色，逐步變成淺綠色、深綠色，受其污染的培養基變成黑色，發臭松軟，直至報廢。子實體被綠霉污染后，會逐步腐爛，失去商品價值。 3、白腐菌：適宜生長溫度15～25℃，這種病原菌常在銀耳菌絲生理成熟時，從接種口侵入，形成腫瘤狀凸出物。前期菌絲白色粉狀，后期呈灰白色，受其危害，培養基變黑。每年春秋發生率較高，主要腐蝕銀耳原基，造成原基腐敗，不能出耳。也有的侵染耳片，附著產生一層白色粉狀孢子，抑制耳片生長，使其變成不透明的僵耳。 此外，還有紅曲霉、毛霉、根霉、青霉等，這些霉菌都會給生產帶來危害。防止霉菌為害，主要應把好“5關”： ①培養基關。原材料使用前應經過暴曬，配制時含水量不宜超過60％，常壓滅菌要求在100℃以上保持20小時。 ②接種關。嚴格執行無菌操作，接種時做到“三消毒”：一是空房事先消毒：二是料袋進房再次消毒：三是接種時通過酒精燈火焰消毒。 ③菌絲發育關。銀耳菌絲發育最佳溫度為25～28℃，不超過30℃。發菌培養基要求干燥，在冬天加溫發菌時，最好用電源；接種后菌袋可用棉被圍罩保溫，3天后揭開通風翻袋。 ④出耳管理關。出耳階段應注意控溫、控濕、控光、增氧，創造良好的環境條件；子實體生長發育階段適度噴水，防止過濕；尤其是幼耳階段，噴水宜勤宜少。 ⑤環境衛生關。菇房內部及周圍衛生要清理好，杜絕污染源。
      二、蟲害 
      1、螨：又叫菌虱，種類很多，常見的有蒲螨和粉螨兩種。蒲螨體積很小，肉眼不易看清，多群集成團，呈現咖啡色；而粉螨體積稍大，白色發亮不成團，數量多，成粉狀。這些螨類主要由棉籽殼、麥皮、菌種和蒼蠅等帶進菇房，或由舊菇房殘留下來。螨類以吃銀耳菌絲為生，被害的菌絲不能萌發。如果出耳階段發生螨類，就會造成爛耳或耳片畸形。 螨類防治辦法： ①菇房要遠離料房，四周環境要清掃干凈。 ②菌袋進房前，對空房徹底消毒，可用氣霧消毒盒，加清水拌成消毒液，噴灑四周。 ③發生螨蟲時，可用滅掃利等廣譜低毒農藥，按規定用量噴灑受害處。但應注意：在子實體生長階段，禁止使用農藥。 2、菇蚊：又叫眼菌蚊，幼蟲白色，近透明，體型小如頭發絲，色白，發亮，3～5天就變成黑褐色有翅膀的菇蚊。常發生在銀耳擴穴后的出耳階段，潛入較濕部分，危害菌絲，受害后發生爛耳。 防治的辦法： ①保持好環境衛生，菇房門窗及通氣口裝配紗窗。 ②用黑光燈誘殺或在菇房燈光下放半臉盆0．1％的敵敵畏殺蟲劑。 ③用蚊香或衛生丸粉熏煙。 3、線蟲：呈粉紅色，是一種線狀的蠕蟲，體型極小，體長僅有1mm左右。在菇房內繁殖很快，幼蟲2～3天就發育成熟，并再生幼蟲。線蟲主要由培養料和水源帶進菇房。在悶濕、不通風情況下大量發生，銀耳受線蟲危害后耳片邊緣腐爛，造成爛耳。 防治辦法：培養料滅菌要徹底，水源應檢測，菇房事先嚴格消毒。噴水不宜過濕，并注意通風。若在耳芽出現時發生線蟲，可用0．5％石灰水或1％食鹽水，在陰涼天噴幾次，并在菇房地面撒石灰粉消毒。