(一)畸形　蘑菇發生畸形，多數是由于溫差或不利的環境誘發的；也可能與所使菌株有關。畸形主要有以下幾種：
　　1.菌柄中空。菇床上的蘑菇看起來正常，但切掉菇腳，發現菌柄有一部分中空，在一個硬芯周圍通常有一個環形空腔。而后，菌柄切面可能裂開再向后卷，使蘑菇失去美觀，質量下降。這主要是出菇期空氣濕度低，菇體水分蒸發快，土層過干，子實體得不到水分造成的。
　　2.菌柄開裂。菌柄豎直開裂有時伴有水平開裂，使菌柄裂片向上、下卷起。這是由于蘑菇先生長在非常潮濕的覆土里，后覆土干燥，后再迅速提高覆土濕度而誘發形成的開裂癥狀。 　　
   　 3.菌柄腫大。偶爾可見蘑菇菌柄腫大，可能在菌柄基部、中間或頂端。
 　   4.硬褶病。開傘的病菇。從下向上看，顏色蒼白，菌褶很淺或不存在。如菌蓋破裂，則菌蓋通常顯得比平常厚。
　    5.丑形菇。子實體分化看起來模糊不清，經常與秋季第一潮菇有關。不能正常發育而變成各式各樣的丑形菇，從瘤狀直至子實體形狀尚可分辨但菌蓋卻奇形怪狀。個別的子實體還可能連在一起。
　　(二)水漬病　蘑菇發病癥狀為清晰可見的進水區，特別在菌柄，如將蘑菇揉擠，就會出水；而且有時成熟子實體會自發地流出大量清澈或有色的液體而后爛掉。