1、菇蚊菇蠅類：秋季栽培一般采用發酵料（平菇、雞腿菇、雙孢菇），菇蚊、平菇眼菌蚊、蘑菇眼菌蚊、糞蠅、蚤蠅、果蠅等成蟲近料產卵，成蟲及卵并不能直接產生為害。這些害蟲的成蟲極具趨光性和趨味(菇香味、料香味、腐味)性，菇棚閉光處理時，發生概率較低，蟲口密度大為下降。
　　2、螨類：螨類蟲源渠道多，或寄居于棚內邊角的縫中，也可通過各種工具進入菇棚。螨類主要以咬食菌絲為主要為害，但當蟲口密度較大時，也能咬嚙菇蕾及老熟子實體。螨蟲主要品種有粉螨、蒲螨等。螨蟲個體極其微小，但該害蟲有群居習性，成堆成團地活動于料表及菇棚邊角、地面，蟲口密度很大時，料表呈白色(烏白色)或肉紅色甚至紅褐色。
　　3、跳蟲：該蟲多于夏秋季節發生危害，15℃以上條件即可存活，氣溫達22℃時漸趨活躍，并隨之繁殖擴大，跳蟲以菌絲體和子實體為危害對象，且潛伏在菌褶及細小縫隙中，使產品價值大打折扣甚至報廢。跳蟲品種較多，常見的主要有角跳蟲、黑角跳蟲、黑扁跳蟲等。跳蟲的壽命長達到一年。菇棚內潮濕的環境、陰暗的光線、豐富的菌絲及蘑菇營養，為跳蟲的繁衍生息提供了條件，因此，為害性較大。
　　4、線蟲：線蟲主要危害食用菌菌絲，亦有多個品種，主要有具口針的菌絲線蟲、無口針的小桿線蟲等，前者以口針插入菌絲體吸取菌絲液汁，使菌絲生長受阻、繼之萎縮死亡，產生“退菌”現象；后者則為害菌絲成為碎片，然后吞食或吸吮，結果同樣是使菌絲消失。