蘑菇病毒病一旦發生，危害很大，不但當年的產量下降，如菇房消毒不徹底，還會影響下一年的收成。蘑菇菌絲感染病毒后不能形成子實體，嚴重時菌絲體腐爛，導致菌床上出現大塊無菇區。菇蕾感染病毒后，子實體發育呈畸形，有的菌蓋上出現褐色斑點，菌蓋歪斜；有的菌蓋有缺口，菌蓋與菌柄生長不均衡，菌蓋特小或菌柄特長；或菌柄彎曲，菌柄下部削尖；或菌柄中央膨大成柄狀或壇狀；有的菇體呈水漬狀，擠壓菌柄都是水。其防治措施如下：
　　1、栽培時要經常更換品種。每一種品種在同一地區內，連續使用不得超過2年，各種菌株要交替使用（指貼生型和氣生型），避免連作菌株適應能力下降而染上病毒。
　　2、每次栽培前后，所有菇棚（舍）、工具都要用5％甲醛消毒，也可用溴甲代烷熏蒸消毒，特別是老菇棚（室）的床架及地面，更應嚴格消毒。
　　3、栽培前，除消毒菇棚（室）外，在四角淺埋10—20片萬消靈（醫院有售），同時培養料點種后，料面用報紙覆蓋，每周用0.5％的甲醛噴濕報紙2次，直到覆土為止。
　　4、已發現有病毒病的菇棚、蘑菇必須在開傘前采收完，并噴灑2％甲醛消毒，以防孢子擴散。