病原菌黑頭病又叫細菌性褐斑病，是一種假單孢桿菌，屬于裂殖菌門、裂殖菌綱。病菌呈桿狀，形成白色菌落，革蘭染色呈陰性反應。
  　  病害癥狀細菌性褐斑病是引起金針菇褐腐的細菌性病害，對生產影響很大。病菌一般只侵染子實體的表面組織，不深入菌肉。子實體被侵染初期，菌蓋表面出現小的黃色或蒼褐色變色區，以后變成暗褐色的凹陷病斑，菌蓋上的病斑成圓形或橢圓形或不規則形，顏色加深并毗連成不規則的大型斑塊，致使淺色菇變為黃色，深色菇轉為醬色。在潮濕條件下，病斑表面有一薄層菌膿，發出臭味，當斑點干燥后，菌蓋開裂，形成不對稱的子實體。病菇形態變化不大，也不會引起腐爛。金針菇菌蓋病斑外圍色較深，呈深褐色，潮濕時中央灰白色，氣候干燥時中央部分凹陷，菌柄上的病斑菱形，褐色，有輪紋，外面一圈色較深。在發病嚴重的情況下，病斑連成一片，包括整個菌柄，使菌柄全部變成褐色，不能直立，有黏液，最后整朵菇變為黑褐色甚至腐爛。該病菌主要危害金針菇、平菇、蘑菇。
  　發生條件該病害發病的內因是品種的不抗病性，外因是高溫、高濕或噴灑不干凈的水把細菌帶到子實體上，如菌蓋表面長時間有水滴或濕度過大極有利于該病害的發生，通風不暢能加劇病害的發展，中溫條件適合發病。
   　 防治方法：
　　1、保持菇場清潔衛生，及時清除病菇和廢料；菇房、床架、用具等用前要用1：50倍的金星消毒液或2%的漂白粉等徹底消毒，尤其是原發病害較重的菇棚。
　　2、拌料時應將疣霉凈按1：1000倍比例兌水拌料，不可用高毒、高殘留的防污劑之類，以確保生產效果；
　　3、針菇栽培時培養料應徹底滅菌，蘑菇和平菇栽培時培養料應充分發酵，腐熟均勻，覆土材料用甲醛熏蒸消毒即可。
　　4、金針菇出菇期控制出菇室溫度在15℃以下，避開高溫、高濕季節出菇，高溫時加強通風散熱，平菇出菇期溫度不要超過18℃，如果氣溫突然升高，要采取降溫措施，如開窗、揭膜、遮陰等，但要注意菇房內溫度波動不能過大，防止水汽凝結，產生水膜。
　　5、發現病菇要及時擇除，并立即加大通風量，暫停或減少噴水，迅速降低溫度，并用藥控制病害程度，如可向料面噴灑5%的石灰水清液，也可噴灑每毫升100 -200單位的鏈霉素液或300單位的土霉素，或500-1000倍的漂白粉液，每2天1次，施藥前后菇床停水1天，間隔3-4天再次用藥，連續用3次以上，能有效控制病害蔓延。發病嚴重時，應先清除病菇，清理料面或覆土后再按上述方法噴藥。