畦床除了各種霉菌感染外，蟲害也是一種主要的危害因素，應加強防治與管理。蟲害種類比較多，現具體介紹以下幾種：
　　(一)線蟲
　　1．形態特征
　　危害靈芝的病原線蟲體長1毫米左右，白色透明，體形圓筒形或線形，兩端尖細中間略粗，外形似蛇則，有頭、頸、腹、尾之分。
　　2．生活習性
　　線蟲多寄生或半寄生，喜溫暖濕潤的環境，生活經卵、幼蟲、成蟲三個階段，畦床濕、粘、臭時易發生線蟲。 3．危害特征 以幼蟲刺取菌絲養分，也為其他病菌創造條件，從而加速或誘發各種病害，致使培養基質變黑，發粘，菌絲萎縮或消失。
　　3．防治措施
　　(1)芝場選擇排水條件好，土壤滲水強，積水少的地方，減少適合線蟲的生長條件；
　　(2)在芝場四周或地面噴灑1：1000倍的敵百蟲液，也可用濃石灰水或漂白粉液進行噴霧；
　　(3)保持畦床環境衛生，控制其他蟲害的入侵，切斷線蟲的傳播途徑。
　　(二)螨類
　　1．形態特征
　　螨類體形小，要用放大鏡才能看清楚。體呈圓形或卵圓形，體長約0.2-0.7毫米，體色多樣。體軀分領體和軀體兩部分，有足，有肛門和生殖孔。
　　2．生活習性
　　螨類喜棲溫暖、潮濕的環境，發育、繁殖的溫度為18-30℃，濕度大的環境中繁殖速度很快，培養料、禽畜軀體及老菇房等都是螨類的重要蟲源。它以霉菌和植物殘體為食物。
　　3．危害特征
　　螨類吸食靈芝菌絲，使菌絲發生萎縮，變色，甚至消失，嚴重時培養料中菌絲被全部吃光，造成栽培失敗。
　　4．防治措施：
　　(1)畦床場地要選擇遠離倉庫、飼料間，禽舍等地方，杜絕蟲源侵入；
　　(2)每立方米畦床用磷化鋁10克、熏蒸72小時，能有效地殺死蝸類；
　　(3)菌絲培養期間可用菇保粉撤放場地上，每500克藥粉可處理20平方米培養場地，每25-30天處理1次；
　　(4)菌袋有螨類發生侵害時，覆土前可用棉花蘸少許50％的敵敵畏，塞人袋內進行熏殺，螨類危害嚴重的菌捧要及時予以廢棄，以免螨蟲繁殖增多。
　　(三)白蟻
　　1．分類地位：白蟻俗稱白螞蟻，隸屬昆蟲綱，等翅目。
　　2．常見種類：家白蟻、黑胸散白蟻、黃胸散白蟻、黑翅土白蟻、黃翅大白蟻等。其中以黑胸散白蟻和黑翅土白蟻危害較多。
　　3．形態特征：有頭、胸、腹之分，有觸角，有翅，全身有頗密的毛。
　　4．生活習性：生活溫度為10-30度，進行群體活動。喜酸性土質，視覺退化，靠嗅覺覓食。白蟻的營養源主要是木材，還有雜草、顏草等纖維質腐物。
　　5．危害特征：白蟻危害時主要蛀食段木，并侵入木質內部，且輕而易舉地蛀空培養料畦床，危害嚴重時可發生幾十群甚至數百群蟻群，對靈芝生長和產芝量影響極大。
　　6．防治措施：
　　(1)選好芝場，避開蟻源；
　　(2)芝場使用過程中及時清除枯枝朽木、雜草敗葉及無用雜物，減少適合白蟻生存的環境；
　　(3)畦床使用前撤放白蟻粉毒殺和驅趕白蟻，清除白蟻后再進行栽培。
　　(四)黑腹果蠅
　　1．形態特征
　　成蟲黃褐色，腹未有黑色環紋，腹眼有紅白變形，后翅退化為平衡棒，背面前端有一對觸角絲，幼蟲乳白色，無胸足及腹足，蛆狀。
　　2．生活習性
　　該蟲喜歡在腐爛水果和發酵培養料上產卵繁殖，最適生長溫度為20-25℃，1年發生多代，每代12-15天，溫度超過30度時成蟲即不育而死。
　　3．危害特征：
　　(1)幼蟲取食菌絲和培養料，使菌塊表面發生水漬狀腐爛；
　　(2)成蟲可攜帶霉菌、線蟲、螨類等病蟲害。
　　4．防治措施：
　　(1)畦床蔭棚要封閉嚴密，防止成蟲飛人產卵為害；
　　(2)每隔5天以1：1000倍80％敵敵畏溶液噴灑畦床四周，防止成蟲和幼蟲的發生。