1．胡桃肉狀菌（又名假¨木耳¨）是雞腿菇栽培中易發生的一種惡性傳染病。發病初期多在覆土層內產生濃密白色棉絮狀菌絲。繼而在土表層發生大小不等類似木耳形狀的子實體，挖開發病部位培養料會發出濃烈的漂白粉味，雞腿菇茵絲自溶，培養料發黑。
　　防治方法：
　　①嚴格挑選菌種，凡發現有疑點的菌種堅持不用。
　　②覆土必須取表士20厘米以下的土，并嚴格消毒。
　　③用濃石灰水局部灌淋，并停止供水，待局部泥土發白后，小心搬出遠離深埋。
　　2．白色石膏霉 該病是由培養料偏酸而引發的病害。一般在下種后10－15天內發生，初期在覆蓋表面形成大小不一的白斑塊，狀如石灰粉。老熟時斑塊變粉紅色，并可見到黃色粉狀孢子團。挖開培養料有濃重的惡臭味，雞腿菇菌絲死亡腐爛。
　　防治方法：
　　①培養料發酵時添加5％的石灰粉，調節 pH值為8．l5。
　　②局部用500倍多菌靈或5％的石碳酸噴灑。
　　③加強通風，降低畦面的空氣濕度。
　　3．鬼傘類競爭性雜菌 該雜茵孢子是混在稻草等原料中進人菇床，5一10 天床面便出現大量的鬼傘菌與雞腿菇爭奪營養。其子實體腐解后流出墨汁樣孢子液，繼代極快。
　　防治方法：
　　①選用新鮮干燥的稻草作培養料，并采取2次發酵，以殺滅鬼傘孢子。
　　②發現鬼傘菌應及時在未開傘前摘除，并深埋。